Попечением Иоанникия на чудотворную Великорецкую икону Николая Чудотворца был изготовлен оклад, для ризницы кафедрального собора Вятки приобретён золотой крест, украшенный драгоценными камнями. С именем Иоанникия связана попытка активизировать миссионерскую деятельность среди старообрядцев Вятской губернии. Санкт-Петербургский митрополит Серафим писал Иоанникию: «До сведения правительства дошло, что в вверенной вам епархии число раскольников умножается, особенно в Глазовском уезде, и вследствие сего предоставлено мне обратить на сие обстоятельство особенное вашего преосвященства внимание с тем, чтобы вы употребили способнейших из духовных лиц к обращению на путь истины отпавших от Церкви и об успехе сей меры доносили Святейшему Синоду». По поручению Иоанникия Вятская духовная консистория осуществила подсчёт численности старообрядцев на территории губернии: к 1834 г. там проживали 28 689 сторонников «старой веры». 16 ноября 1835 г. Иоанникий был назначен епископом Оренбургским и Уфимским. Среди причин перевода на другую, считавшуюся менее значительной кафедру обер-прокурор называл «мягкость характера» Иоанникия и «особенные обстоятельства Вятской епархии и учреждённой в ней миссии, по которым… остаётся ещё желать в занимающем сие место особенной твёрдости и личной настоятельности в надзоре управления». Иоанникий прибыл в Уфу в начале 1836 г. До его приезда делами епархии управлял бывший епископ Оренбургский и Уфимский Михаил (Добров), проживавший на покое в уфимском в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыре. У них сложились дружеские отношения. Когда Иоанникий находился в отпуске (1838 г.) и на лечении (май-сентябрь 1843 г.) по благословению Синода он доверял управление епархией епископу Михаилу. При Иоанникии 18 марта 1838 г. Бетькинская женская община была преобразована в третьеклассный уфимский в честь Благовещения Пресвятой Богородицы монастырь, первую, а затем крупнейшую женскую обитель епархии. В 1840 г. в г. Мензелинске была основана Пророко-Ильинская женская община, впоследствии обращённая в монастырь. Важнейшим результатом деятельности Иоанникия стало значительное увеличение количества церквей в Оренбургском крае. Строились, в основном, каменные храмы, несмотря на дозволение оренбургско-уфимскому епархиальному начальству без сношения с Синодом возводить деревянные церкви упрощённого типа (указ от 31 марта 1839 г.).