При Иоанникии были построены и освящены соборные храмы в крупных городах: кафедральный собор в честь Воскресения Господня в городе Уфе (24 августа 1841 г.) с приделами в честь Рождества Христова и Казанской иконы Божьей Матери (с перенесением в последний из старого собора чудотворной Богородско-Уфимской иконы Божьей Матери); собор во имя Святой Троицы в городе Бирске (31 мая 1841 г.) с приделами в честь Рождества Пресвятой Богородицы (7 сентября 1840 г.) и Николая Чудотворца (18 января 1841 г.); собор во имя Святой Троицы в Златоустовском заводе (ныне Златоуст; 6 июня 1842 г.) с приделами во имя Александра Невского (23 августа 1842 г.) и Благовещения Пресвятой Богородицы (24 января 1843 г.); Александро-Невский собор в городе Уральске (1837–1850 гг.); заложен пятиглавый трёхпрестольный Казанский собор в городе Стерлитамаке (1837–1851 гг.), освящён его левый придел во имя Николая Чудотворца (1838 г.). В Уфе были освящены церковь князя Александра Невского (26 сентября 1836 г.), заложенная 18 сентября 1824 г. в присутствии императора Александра I; церковь Нерукотворного образа Спасителя (1 сентября 1844 г.); церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи (15 июля 1845 г.) – памятник русским воинам, павшим при штурме города Казани войсками Ивана Грозного в 1552 г. В уфимском в честь Успения Пресвятой Богородицы мужском монастыре продолжалось строительство тёплого храма во имя Митрофана Воронежского (1830 гг. – 1852 г.). Были возведены также Михаило-Архангельская церковь (1842–1845 гг.; освящена в 1847 г.) в городе Бирске, Смоленская кладбищенская церковь (1847 г.) в городе Оренбурге и др. Только в Уфимской провинции Оренбургской губернии за 14 лет управления Иоанникием было построено более 20 каменных храмов. Так, в Уфимском уезде возведены церкви Воскресения Господня и мученицы Дарии в селе Надеждине (1841 г.); в Бирском уезде – Рождества Христова в селе Печёнкине (1838 г.) и в селе Сарсы (1842 г.), Иоанна Предтечи в селе Курачеве (1839 г.) и в селе Андреевка (1845 г.), апостолов Петра и Павла в селе Касеве (1842 г.), Святой Троицы в селе Новотроицком (1844 г.), Николая Чудотворца и Василия Амасийского в селе Тепляки (1848 г.); в Мензелинском уезде – Николая Чудотворца и Зосимы и Савватия Соловецких (1838 г.) в селе Бережные-Челны, Илии пророка и Димитрия Солунского (1836–1849 гг.) в селе Прости, архангела Михаила в селе Языкове (1842 г.), Нерукотворного образа Спасителя (1842 г.) в селе Новоспасском, Богоявления и Казанской иконы Божьей Матери (1842 г.) в селе Круглое Поле, Смоленской иконы Божьей Матери (1843 г.) в селе Николаевка, Митрофана Воронежского и Василия Великого (1840–1850 гг.) в селе Верхняя Уратьма; в Стерлитамакском уезде – Преображения Господня (1840 гг.) в деревне Преображеновке, Иоанна Предтечи (1846 г.) в селе Ивановском-Кравкове, Вознесенская церковь с приделами в честь Казанской иконы Божьей Матери и во имя Николая Чудотворца (1848 г.) на месте сгоревшей деревянной в селе Табынском, где находилась явленная чудотворная Табынская икона Божьей Матери, начато возведение Михаило-Архангельской церкви (1848–1852) в селе Александровском-Зубове; в Челябинском (впоследствии Златоустовском) уезде – Иоанна Златоуста и Иоанна Предтечи (1840 г.) в селе Емаши и др.