Судя по дате, исследователи считают, что к одному комплекту с ними может быть отнесён список богослужебной части Студийского устава – Исторический музей. В 1399–1400 гг. по заказу Иоанна в Хутынском монастыре был написан пергаменный Служебник (Исторический музей) с миниатюрой, на которой был изображён Иоанн Златоуст в пышной тератологической рамке в виде храма. Согласно Житию Арсения Коневского (XVI в.), преподобный Арсений, подвизавшийся в Лисицком монастыре, и игумен обители Иларион (впоследствии епископ Коломенский) привезли с Афона Устав монастырский и «Тактикон» Никона Черногорца, которые отдали Иоанну. С «Тактикона» Иоанн повелел снять копию (Российская национальная библиотека). Копия «Тактикона» сохранилась: Российская национальная библиотека, 1397 г. По мнению исследователей, ко второй половине архиепископства Иоанна относится написание роскошного новгородского Служебника – «Служебник царевича Алексея Петровича» (Библиотека Академии Наук), украшенного тератологическим орнаментом; служебник отражает южнославянскую (афонскую) правку текста XIV в. Ко времени Иоанна исследователи относят и создание Мусин-Пушкинского юридического сборника (Российский государственный архив древних актов), содержащего «Русскую правду» пространной редакции, «Закон судный людем» пространной редакции, «Законы Моисеевы» (выписку из Исх. 19–22), договор 1229 г. Смоленска с Ригой и Готским берегом, «устав о мостех» князя Ярослава Всеволодовича и Церковный устав князя Владимира. В архиепископство Иоанна при Новгородском архиерейском доме продолжалось летописание. По мнению Александра Григорьевича Боброва, владычным летописцем Иоанна, по крайней мере, в последние годы его архиерейства (не позже 1409 – 1415 гг.), был Матвей Кусов. В это время «заметен особый интерес летописца к происходящим в церквах и связанным с иконами чудесам, знамениям и исцелениям». Исследователям известны несколько рукописей 1411–1414 гг., переписанных «повеленьем владыце Ивана, а изисканьем Матфея Кусова» (издатели Академического списка Новгородской первой летописи в конце XVIII в. полагали на основании читающейся под 1399 г. молитвы Иоанна Пресвятой Богородице, что Иоанн сам был летописцем). По мнению исследователей, в начале XV в. в Новгороде было записано сказание о чудесах, происходивших в 1402 (?) г. в полоцком удельном центре Лукомле от мощей или от иконы Николая Мирликийского. Святыня была принесена в Лукомль из Жидичинского во имя Николая Чудотворца мужского монастыря на Волыни («Никола Жидичинский») после разорения обители татарами в 1399 г. В заголовках ряда списков (все великорусского происхождения) современниками события названы великий князь Литовский Витовт и Иоанн без упоминания Полоцкого епископа.