Из неё с чтением особых молитв (похожих на заговор) с упоминанием святых Гурия, Самона и Авива, а также ветхозаветных праведников вынимались части («хлебци»). С помощью этих частей совершался «Божий суд». «Благословение...» было написано в Новгороде, по мнению исследователей, как формуляр послания в города Новгородской епархии; его отправка сопровождалась посылкой иконы святых Гурия, Самона и Авива в храмы. Впредь вместо клятвы и целования креста тяжущиеся должны были приходить к иконе святых Гурия, Самона и Авива («а што ходите к кресту, ино то в вас отнимаем; но ходите к знамению Божиих святых исповедник»). В 1411 г. к собору Святой Софии со стороны владычного двора по повелению Иоанна был пристроен каменный придел во имя св. Исповедников (как полагают исследователи, во имя святых Гурия, Самона и Авива), причём эта церковь называется в летописях «чудотворной» (Полное собрание русских летописей, том 4, часть 1; Новгородская первая летопись), «в неиже створяются велиа чюдеса и бесчислена христианом» (Полное собрание русских летописей, том 42). 15 ноября 1414 г. Иоанн принял постриг в схиму (в Мусин-Пушкинском сборнике 1414 г., сгоревшем в 1812 г., это событие было отнесено к 17 ноября, там же говорится: «...И маслом мазася в манастыри на Деревяници по сем днии»). 20 января 1415 г. Иоанн оставил кафедру и удалился в Деревяницкий монастырь, в котором скончался 24 июня 1417 г. Погребён в притворе церкви Воскресения Христова (в 1389 г. там же был погребён предшественник Иоанна архиепископ Алексий; таким образом, Деревяницкий монастырь стал вторым после Софийского собора некрополем Новгородских архиереев). Во время пребывания Иоанна на кафедре в Новгороде активно велось книгописание: последней четвертью XIV – первой четвертью XV вв. датируется значительный процент сохранившихся новгородских рукописей. По мнению исследователей, новгородские книги этого времени (прежде всего, литургические) отличает традиционность облика: они написаны крупным уставным почерком («новым стильным уставом», по характеристике Вячеслава Николаевича Щепкина), восходящим к традициям второй четверти XIV в. В 1398 г. по заказу архиепископа для владычной церкви Рождества «на сенях» был переписан комплект пергаменных Служебных Миней по Студийскому уставу; сохранились том на апрель с записью писца о походе новгородской рати на Двину (Библиотека Академии Наук) и, как полагают исследователи, том на декабрь (Российская национальная библиотека).