Через девять недель в полночь Игнатий «изрину» тело из княжеской усыпальницы и повелел похоронить его в соборе Спасо-Преображенского монастыря, основанного матерью Глеба княгиней Марией Михайловной. Митрополит Кирилл запретил Игнатия в служении, поскольку тот осудил князя Глеба прежде суда Божия и поступил «не по правилом». Исследователи предполагают, что причиной поступка Игнатия было давление на архиерея со стороны нового Ростовского князя Дмитрия Борисовича, не признававшего прав покойного дяди на Ростов и не желавшего видеть его могилу в усыпальнице ростовских князей. Дмитрий Борисович ходатайствовал перед митрополитом за Игнатия, и митрополит простил Ростовского епископа. В 1280 г. Игнатий побывал в Орде «за причет церковный» (исследователи полагают, что архиерей ездил к хану Менгу-Тимуру по поручению митрополита Кирилла испрашивать ярлык Русской церкви), при этом летопись отмечает, что это была вторая поездка святителя в Орду. В 1280/1281 г. по распоряжению Игнатия Успенский собор в Ростове был покрыт оловом, пол вымощен «мрамором красным». В конце ноября 1281 г. в Переяславле Игнатий с Новгородским архиепископом Климентом и Владимирским епископом Феодором совершили отпевание митрополита Кирилла II (Полное собрание русских летописей, том 18). Согласно Житию Петра, царевича Ордынского, составленному на основе местного предания, скорее всего, в конце XV в., Пётр по благословению Игнатия основал в Ростове монастырь во имя св. апостолов Петра и Павла, после того как они явились святителю во сне. В Житии Игнатий назван «святым владыкой» («Библиотека литературы древней Руси», том 9), в летописях первой половины XV в. в сообщениях о кончине Игнатия в 6796 (1287/1288) г. – «великим чудотворцем» (Полное собрание русских летописей, том 6). Житие Игнатия, по мнению исследователей, было написано в конце XIII в. Исследователи Жития отмечают, что оно лишено биографических подробностей, «написано с соблюдением агиографического канона... деятельность Игнатия охарактеризована общими чертами», однако в тексте приведены дата и даже время кончины святителя: «В лето 6796-е преставися к Богу священноепископ Игнатии месяца маия в 28 день, в пяток, по вечерни», а также перечислены лица, присутствовавшие на отпевании. Подробно описаны несколько чудес, которые произошли при погребении. Монахини Феодосия и Аксиния, а также другие молящиеся видели, как Игнатий поднялся из гроба, пошёл по воздуху, встал над церковью и благословил людей и город. Потом «съступи над нижнюю комару, еже пред жертвенником, ту положиша тело его святое Божиим изволением». Второе чудо произошло с архимандритом Стефаном, который получил исцеление, прикоснувшись скрюченной от рождения рукой к телу святителя.