В сентябре 1829 г. архимандрит Макарий прибыл в Тобольск. В первую очередь, Евгений собирался учредить миссию на севере епархии, в Обдорске (ныне Салехард), но «по причине хилого телосложения и плохого здоровья» архимандрит Макарий не мог принять это служение. Из-за наступающей зимы только 3 августа 1830 г. миссия во главе с архимандритом Макарием отправилась на Алтай, входивший в состав Тобольской епархии. Члены миссии руководствовались инструкцией Евгения, которая предписывала изучать язык жителей Алтая и переводить на него Евангелие и богослужебные книги, а затем совершать богослужения на местном наречии. Только перед отъездом Евгения в Рязанскую епархию в Тобольск приехал насельник Пафнутиева Боровского в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря иеромонах Макарий (Боголепов), которому он поручил возглавить Обдорскую миссию. 1 августа 1831 г. Евгений был переведён на Рязанскую кафедру. Большое внимание уделял подготовке пастырей, 23 сентября 1831 г. назначил нового ректора Рязанской духовной семинарии – архимандрита Феодотия (Озерова; впоследствии архиепископ), который в то же время продолжал управлять рязанским в честь Преображения Господня мужским монастырём. В руководстве епархией Евгений опирался на преподавательский состав духовной семинарии: назначал опытных преподавателей присутствующими Рязанской духовной консистории, привлекал к деятельности в Цензурном комитете, требовал, чтобы курсовые (особенно выпускные) экзамены в духовных училищах обязательно посещали ректор духовной семинарии и инспектор с одним–двумя наставниками. Для наблюдения за поведением учителей и всех должностных лиц правление духовной семинарии предоставляло Евгению сведения о тех, кто не посещали семинарский Владимирский храм. О пропуске уроков в семинарии наставниками инспектор подавал ему особые рапорты. В 1832 г. Евгений распорядился увеличить штат казённых воспитанников духовной семинарии до 190 человек и приписать на казённое содержание и сверх штата особо нуждающихся. В результате в 1832 г. было принято в Рязанскую духовную семинарию 187 учеников на полное содержание и 68 – на половинное (с неполным количеством выданной одежды). В 1834 г. число учащихся в духовной семинарии достигло максимума за первую половину века – 811 человек. К началу 1834/1835 учебного года им были разработаны специальные правила для приёма, «чтоб не прежде принимать на казённое содержание отцовских детей, как по принятии сирот». В 1834 г. для больницы духовной семинарии был построен деревянный флигель на средства купца Н.Е. Савельева. Заботясь о пополнении фонда семинарской библиотеки, Евгений следил, чтобы деньги, выданные на покупку книг и пособий для семинаристов, тратили строго по назначению, т.к. «библиотека в течение почти 20 лет нового образования ничуть не умножена». Как прекрасный знаток словесности в 1836 г. ввёл в семинарии дополнительный курс истории русской литературы. Выпускников духовной семинарии, которые, окончив курс и получив назначение на места, «не спешили к посвящению и любили пожить холостяками, Евгений подвергал штрафам». Жалобы от посторонних лиц на молодых пастырей (выпускников Рязанской духовной семинарии) разбирал лично.