В 1848 г. в Ярославль было переведено училище для девиц духовного звания Ярославской, Костромской и Вологодской епархий. Это училище, второе после Царскосельского, первоначально по Высочайшему соизволению было открыто в 1846 г. в Солигаличе Костромской губернии. В 1848–1850 гг. для него на Волжской набережной Ярославля было выстроено большое каменное здание. Неоднократно с начале 1840 гг. Евгений подавал в Синод прошения об увольнении на покой по состоянию здоровья. В ответ на просьбы ему были пожалованы 14 апреля 1845 г. алмазные знаки ордена св. Александра Невского, 3 апреля 1849 г. – алмазный крест на клобук. 16 (по другим сведениям, 24) декабря 1853 г. Евгений был уволен на покой с назначением пенсии в 2 тыс. руб. серебром, получив звание члена Синода, право присутствовать в Московской синодальной конторе, а также право выбрать место жительства в одном из московских ставропигиальных монастырей. 2 февраля 1854 г. Евгений выехал из Ярославля и поселился в московском Донском монастыре, по просьбе Филарета (Дроздова) принял управление обителью. Архиерей собирался отказаться от доходов, полагавшихся ему по праву настоятеля, однако митрополит Филарет убедил его не делать этого. Все средства Евгений направил на благоустройство обители. 26 августа 1856 г. Евгений с другими архиереями участвовал в коронации императора Александра II и получил украшенную алмазами панагию. В 1858 г. ослеп. В 1868 г. отметил 90-летие и 50-летие служения в архиерейском сане, 30 июня того же года совершил последнее богослужение. Погребён в Малом соборе Донского монастыря на месте, указанном им, около захоронения Московского архиепископа Амвросия (Зертис-Каменского) за правым клиросом. Евгений состоял действительным членом Конференции Московской духовной академии, почётным членом Московского университета и Московского общества любителей духовного просвещения. Превосходно знал греческий, на латыни сочинял стихи, вёл дневник. По воспоминаниям протоиерея И.А. Благовещенского, Евгений зарекомендовал себя бескорыстным и беспристрастным пастырем. Его проповеди отличались простотой и немногословностью. Особенно часто он обращался с поучениями к пастве во время объездов подведомственных приходов. Гомилетическое наследие его весьма обширно, однако при жизни была издана небольшая часть. Награждён орденами св. Анны первой (1823 г.) и второй (1816 г.) степени, св. Владимира первой (1868 г.) и второй (1829 г.) степени, св. Александра Невского (1835 г.), наперсным крестом с драгоценными камнями (1814 г.), бронзовым крестом в память войны 1812 г. (1818 г.), панагией с драгоценными камнями (1832 г.). Иконография Евгения включает несколько поясных живописных портретов и эстампов.