На следующий день Евгений служил литургию и произнёс слово на новый год, в котором дал наставления пастве. Наладил дела духовной консистории, завёл домашний журнал, в котором записывал весь процесс делопроизводства по каждой входящей и исходящей бумаге, следил, чтобы не было проволочек и упущений. По его ходатайству Святейший Синод увеличил сумму на содержание Тобольского архиерейского дома в два раза. Провёл ревизию Тобольской духовной семинарии, интересовался учебным процессом. К осени 1829 г. его стараниями для семинарии был построен третий корпус. Евгений восстановил тобольский кафедральный Софийско-Успенский собор. В 1826 г. в процессе подготовки к реставрации необходимо было устранить трещину в стене собора. Чтобы осмотреть глубину трещины в фундаменте и устранить её, необходимо было потревожить гроб почитаемого Сибирского митрополита Иоанна (Максимовича), перезахороненного в 1753 г. в алтаре придела Иоанна Златоуста. Евгений испросил у Синода разрешение на перенос захоронения на другое место. При этом было предписано перезахоронение совершить без огласки. В склепе он обнаружил останки святителя, которые покоились в совершенно целом гробу, клобук и мантия также оказались нетронутыми временем. Около трёх лет Евгений вёл переписку со строительным ведомством о разрешении перебрать часть стены собора, исправить свод, перекрыть крышу. Благодаря генерал-губернатору Западной Сибири Ивану Александровичу Вельяминову удалось добиться разрешения. 19 сентября 1831 г. Евгений совершил освящение собора. В 1828 г. Синод поручил ему ревизовать свою епархию на правах постороннего ревизора. С 18 мая по 7 июля и с 1 августа по 1 октября Евгений обозревал Тобольскую губернию (кроме Берёзовского края), Томскую губернию и Омскую область, проехав 6 тыс. вёрст. Летом 1829 г. посетил Берёзовский край (это путешествие совершалось по воде). Составленный заранее маршрут пути был известен в каждом селении при содействии губернаторов и земской полиции. Люди могли встретиться с Евгением и передать ему лично просьбу или жалобу. Результаты обзора епархии он изложил в донесении Синоду. В дневнике отметил: «Работал без отдыху, до упаду, но приехал здоров». При обозрении епархии Евгения разочаровало состояние миссионерства. В Тобольской епархии проживало большое количество неправославных инородцев. По отзыву Евгения, многие жители, ранее крестившиеся в православие, «не только не имеют понятия о началах христианской религии, но даже не знают имени Иисуса Христа и пребывают в идолопоклонничестве». Евгений испросил у Синода дозволение лично заняться миссионерской деятельностью: оставив на пять–шесть лет управление епархией, поселиться среди неправославных племён, изучить их язык и подготовить из их среды пастырей. Синод отклонил эту просьбу, но указом от 24 декабря 1828 г. восстановил в Сибири упразднённую в 1799 г. духовную миссию. В поисках пастыря, который мог бы возглавить миссию, Евгений обратился с запросом к правящим архиереям центральной части России. На предложение откликнулся архимандрит Макарий (Глухарёв), живший в то время в Глинской пустыни.