Стоики рассматривали учение о божественном как один из разделов физики, подразумевая под «физикой» ту часть философии, которая занимается исследованием чувственно воспринимаемого космоса со всем его содержимым, включая людей и богов. Так, согласно Хрисиппу, предметом физической части философии является «космос и то, что в нём». По представлениям стоиков, теология является учением об организующем и правящем начале мироздания, причём это начало может быть обозначено как бог. В отличие от других разделов «физики» она фокусировалась не на изучении отдельных природных процессов и частей космоса, но лишь на нахождении их согласия и целесообразности, а также на стремлении обнаружить во всем провиденциальный замысел. Зенон Китийский, традиционно считающийся основателем стоической школы, изложил свои взгляды на природу богов в рамках натурфилософского сочинения «О мироздании», а его ученики и последователи, хотя и выделяли теологию в самостоятельную дисциплину (о чём свидетельствует появление трактатов по теологической тематике в списках сочинений Персея, Клеанфа и Хрисиппа), однако по-прежнему соединяли её с физикой, рассматривая учение о богах как заключительную часть учения о мире. Клеанф, по свидетельству Диогена Лаэртского, делил философию на шесть частей: две логические (диалектику и риторику), две этические (этику и политику) и две физические, к которым относились физика в собственном смысле, представлявшая собой учение о началах и элементах космоса, и теология. Последняя выступала у Клеанфа одновременно и как заключительная часть физики, и как вершина философии в целом, отчего, по некоторым свидетельствам, он называл её «обрядом посвящения в таинства». Похожей точки зрения придерживался и Хрисипп, утверждавший, что получить правильное представление о богах и уметь им пользоваться – великий труд, и что в курсе обучения философии боги должны изучаться самыми последними, после того как будут освоены логика, этика и учение о природе, поэтому и рассуждение о них справедливо зовётся «посвящением в таинства». На темы, связанные с содержанием естественной теологии, продолжали писать представители Средней Стои (II–I вв. до н.э.): Боэт Сидонский, Панетий и Посидоний. В частности, Боэт, который существенно модифицировал традиционное учение стоиков о боге и считал, что божество субстанциально отделено от мира, а сам мир лишён души, несмотря на это продолжал рассматривать теологию как часть натурфилософии и включил рассуждение о сущности богов в трактат «О природе». Римские стоики обсуждали интересующие их аспекты теологических учений преимущественно в сочинениях на этические темы. Сенека в «Вопросах естествознания» («Naturales quaestiones») по традиции отождествлял теологию с физической частью философии, утверждая, что он видит цель познания природы не в описании тех или иных явлений, которые и так очевидны каждому, а в том, чтобы, «проникнув в самые сокровенные глубины природы, узнать, какова материя вселенной, кто её Создатель, Начальник и Страж; что такое Бог; сосредоточен ли Он всегда на Себе Самом или и на нас иногда взирает; создаёт ли Он каждый день что-нибудь или создал всё однажды и навсегда; часть ли Он мира или сам мир» и т.д.