10 июня император утвердил общий доклад трёх ведомств о пособии обществу, начиная с 1905 г. в течение четырёх лет. Впоследствии субсидия в 75 тыс. руб. была испрошена вновь на четыре года по 1912 г. включительно. Финансовые проблемы общества были настолько серьёзными, что высказывались предложения о закрытии школ ИППО в Сирии. В ответ на эти опасения Елизавета Фёдоровна заявила о своей готовности поддержать общество. Ей удалось также решить деликатный вопрос об освобождении ИППО от обязательства ежегодно выделять значительную сумму на содержание РДМ и на ремонт и содержание церкви Марии Магдалины в Гефсимании. В 1907 г. в Санкт-Петербурге и Иерусалиме праздновали 25-летний юбилей ИППО. Торжественное собрание прошло 21 мая в купеческом зале Петергофского дворца в присутствии членов императорской фамилии, Синода, министров и почётных членов ИППО, на другой день второе собрание состоялось в Сергиевском дворце в Санкт-Петербурге, которое посетили многочисленные депутации с приветствиями и адресами от разных ведомств, учреждений и обществ. Был подведён итог 25-летней работы общества: «Ныне, обладая в Палестине владениями ценностью почти в два миллиона рублей, Православное Палестинское общество имеет 8 подворий, где находят приют до 10 тыс. паломников, больницу, шесть лечебниц для приходящих больных и 101 учебное заведение с 10 400 учащимися; за 25 лет им выпущено в свет 347 изданий по палестиноведению». Предметом особой заботы Елизаветы Фёдоровны была школьная сеть общества. В июле-августе 1913 г. в Назарете проводился учительский съезд для обсуждения педагогической реформы учебных заведений ИППО в Сирии и Палестине. 23 июня 1914 г. Совет общества утвердил программы и инструкции для учительских семинарий, принятые Елизаветой Фёдоровной 22 октября 1914 г. Она возглавляла ИППО с 1905 г. до 1917 г. Некоторые, особенно зарубежные, исследователи (например, Ф.Г. Ставру) пытались найти различия в деятельности ИППО при правлении великого князя Сергея Александровича и под руководством Елизаветы Фёдоровны. Они утверждали, что в первый период общество более активно, чем при Елизавете Фёдоровне, внедрялось на Ближний Восток, его деятельность отвечала идеям панславизма и характеризовалась, по их мнению, склонностью к грекофобии; второй период отмечен преобладанием идей грекофильства и космополитизма. Как свидетельствуют документы и источники, и при Сергее Александровиче не было агрессии в деятельности ИППО, и Елизавета Фёдоровна активно руководила обществом, в основном, следуя той линии, которую наметил великий князь Сергей Александрович. После 1905 г. изменилась ситуация в России, и это отразилось на системе внешнеполитических приоритетов ИППО. Елизавета Фёдоровна после гибели супруга больше внимания уделяла своей духовной жизни, Марфо-Мариинской обители, но по-прежнему решала главные проблемы деятельности возглавляемого ею ИППО и выполняла все обязательства, соответствующие её должности. Став председателем ИППО, она унаследовала права на церковный участок в Мирах Ликийских, приобретённый в 1850 гг. Андреем Николаевичем Муравьёвым, но потом для России утраченный, и на капитал в 240 тыс. руб., собранный благодаря многолетним народным пожертвованиям на восстановление мирликийского храма.