В 1910 г. было принято решение купить на эти деньги участок земли в Бари, где почивают мощи Николая Чудотворца, и приступить к строительству нового подворья ИППО. 7 января 1911 г. из Москвы в Италию выехала делегация, в составе которой был духовный писатель и проповедник, активный деятель Московского отдела ИППО протоиерей Иоанн Восторгов. Было найдено подходящее место для строительства. 2 февраля Елизавета Фёдоровна обратилась к императору Николаю II с просьбой произвести в 1911 г. во всех храмах и монастырях империи тарелочный сбор на сооружаемый для подворья храм. 12 мая Николай II учредил Барградский комитет и стал первым жертвователем, пожаловав от своего имени и от имени императрицы Александры Фёдоровны 10 тыс. руб. Елизавете Фёдоровне принадлежала инициатива поручить работу над проектом архитектору Алексею Викторовичу Щусеву, который только что закончил строительство собора для Марфо-Мариинской обители в Москве. Для руководства строительством в Италии была учреждена Строительная комиссия. Закладка храма состоялась 9 мая 1913 г., в день праздника перенесения мощей святителя Николая из Мир Ликийских в Бари. 23 декабря того же года временная русская церковь в Бари была освящена малым освящением протоиереем Николаем Федотовым, 24 декабря в ней была совершена первая литургия. После Февральской революции и отречения от престола императора Николая II Елизавета Фёдоровна сочла необходимым отказаться от председательства, чтобы ни в чём не повредить в сложившейся ситуации дальнейшей деятельности ИППО. 6 апреля 1917 г. Совет ППО (уже не императорского) принял отставку Елизаветы Фёдоровны. 11 марта 1918 г. в Москву переехало советское правительство. Для его безопасности была создана следственная Комиссия по борьбе с контрреволюцией, в городе было введено военное положение. 23 апреля в Москву прибыл германский посол граф Роберт Мирбах. По свидетельству Прасковьи Тихоновны Кориной, за несколько дней до ареста Елизаветы Фёдоровны  Р. Мирбах был у ворот обители, но настоятельница не приняла его. Граф хотел устроить её переезд в Германию, но великая княгиня отказалась. 7 мая 1918 г., на третий день Пасхи, патриарх Тихон служил литургию на Большой Ордынке в храме Иверской иконы Божьей Матери. Затем он посетил Марфо-Мариинскую обитель, после службы беседовал с Елизаветой Фёдоровной и сёстрами. В тот же день Елизавету Фёдоровну арестовали и выслали в Екатеринбург. С ней в изгнание поехали две сестры из обители – Варвара Яковлева и Екатерина Янышева. Взять личные вещи им не разрешили, дали лишь время на молитву в домовой церкви. В дороге Елизавета Фёдоровна написала несколько писем сёстрам обители и духовнику протоиерею Митрофану, в которых просила: «Молитесь за меня, грешную, чтобы я была достойна вернуться к моим деткам и усовершенствовалась для вас, чтобы мы все думали, как приготовиться к вечной жизни». 19 мая 1918 г. решением Екатеринбургского совета Елизавета Фёдоровна была выслана вместе с некоторыми великими князьями в город Алапаевск Верхотурского уезда Пермской губернии. 20 мая её и других узников разместили в алапаевской Напольной школе. Елизавета Фёдоровна много молилась, рисовала, сажала цветы.