21 июня для всех ссыльных членов Дома Романовых был введён тюремный режим: запрещались прогулки по городу, переписка, были отобраны деньги. В ночь на 18 июля в Алапаевске взяты под стражу и вывезены в лес к заброшенной шахте Нижняя Селимская Елизавета Фёдоровна, инокиня Варвара, сыновья великого князя Константина Константиновича Игорь, Иоанн и Константин, великий князь Сергей Михайлович, князь Владимир Павлович Палей, Фёдор Ремез. Их живыми сбросили в шахту, которую взорвали гранатами, завалили брёвнами и засыпали землёй. Елизавета Фёдоровна умерла не сразу. Она смогла перевязать рану великому князю Иоанну Константиновичу частью своего апостольника. 28 сентября Алапаевск был освобождён от большевиков Белой Сибирской Армией. 11 октября 1918 г. тела Елизаветы Фёдоровны и других казнённых были извлечены из шахты. На груди Елизаветы Фёдоровны обнаружили икону Спаса Нерукотворного с надписью: «Вербная суббота, 13 апреля 1891 г.» (дар Александра III в день перехода Елизаветы Фёдоровны в православие). 18 октября была отслужена первая всенощная заупокойная панихида, 19 октября останки мучеников были похоронены в Троицком соборе Алапаевска. 1 июля 1919 г. из-за наступления Красной Армии останки мучеников были отправлены из Алапаевска в Читу. Здесь они находились в Покровском монастыре. 26 февраля 1920 г. останки отправили в Русскую духовную миссию в Пекине. В ноябре того же года по желанию сестры Елизаветы Фёдоровны, принцессы Виктории Баттенбергской (маркизы Милфорд-Хейвен), останки Елизаветы Фёдоровны и добровольно принявшей с ней мученическую смерть монахини Варвары были отправлены в Иерусалим через Китай, а оттуда морем, через Суэцкий канал, в Египет (город Порт-Саид). 28 января 1921 г. останки, сопровождаемые игуменом Серафимом (Кузнецовым), были торжественно встречены в Иерусалиме греческим и русским духовенством, принцессой Викторией, многочисленной русской колонией, местными жителями и русскими паломниками. 30 января 1921 г. Иерусалимский патриарх Дамиан совершил панихиду и погребение останков Елизаветы Фёдоровны и монахини Варвары в крипте церкви Марии Магдалины. 1 ноября 1981 г. Елизавета Фёдоровна была канонизирована Русской православной церковью за границей (РПЦЗ). 1 мая 1982 г., в день празднования Недели святых жён-мироносиц в Иерусалиме, их мощи перенесли из склепа-усыпальницы в церковь Марии Магдалины. В настоящее время две гробницы из белого мрамора с иконами преподобномученицы находятся у алтаря храма. Елизавета Фёдоровна прославлена Архиерейским Собором Русской православной церкви 31 марта – 5 апреля 1992 г. как преподобномученица, хотя монашеского пострига не принимала. 25 июля 2004 г. в Москву по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и Первоиерарха Русской православной церкви за границей (РПЦЗ) митрополита Лавра (Шкурлы) из монастыря Марии Магдалины в Гефсимании (Иерусалим) был доставлен серебряный ковчег с десницей Елизаветы Фёдоровны и частицей мощей святой Варвары в сопровождении представителя РПЦЗ в России Бостонского епископа Михаила (Донскова). Шесть дней святые мощи находились в храме Христа Спасителя в Москве, где им поклонились более 40 тыс. человек, и шесть дней – в московском мужском Даниловом во имя преподобного Даниила Столпника монастыре.