В Яффе утром 6 октября 1888 г., перед тем как покинуть Святую землю, великие князья участвовали по просьбе архимандрита Антонина в закладке церкви во имя апостолов Петра и Павла и праведной Тавифы. В духовной жизни великой княгини иерусалимское паломничество сыграло особую роль. Отношения, сложившиеся между великокняжеской четой и ППО, повлияли и на «выбор веры» – на решение вопроса, который встал перед ней с приездом в Россию. Участие в жизни общества облегчило для неё постепенное укоренение в православии. После смерти мужа Елизавета Фёдоровна по своему желанию была утверждена председателем ППО. Главным хранителем традиций общества был генерал Михаил Петрович Степанов, один из его членов-учредителей, секретарь в 1882–1889 гг. и бессменный помощник председателя с 1889 до 1917 г., как при Сергее Александровиче, так и при Елизавете Фёдоровне. Вся переписка Елизаветы Фёдоровны по делам ППО с Санкт-Петербургом, где находились Совет и канцелярия общества, и с Иерусалимом осуществлялась через М.П. Степанова, его знания и опыт в этих вопросах были незаменимы. Уважительные и доверительные отношения связывали Елизавету Фёдоровну с вице-председателями общества Николаем Милиевичем Аничковым (до 1908 г.), Николаем Николаевичем Селифонтовым (1908–1910 гг.) и князем Алексеем Александровичем Ширинским-Шихматовым (1910–1917 гг.), секретарями ИППО Алексеем Петровичем Беляевым (1903–1906 гг.) и Алексеем Афанасьевичем Дмитриевским (1907–1918 гг.). Елизавета Фёдоровна, прислушиваясь к советам, решала принципиальные вопросы сама, в том числе о назначении на ключевые для ИППО посты. Так, при назначении преемника скончавшегося в августе 1906 г. А.П. Беляева она поставила непременным условием, чтобы пост секретаря общества занял человек, всецело преданный интересам Русской Палестины, знающий её историю и проблемы, готовый посвятить себя только работе в ИППО. Обсудив несколько предложенных кандидатур, Елизавета Фёдоровна остановила свой выбор на профессоре Киевской духовной академии А.А. Дмитриевском и не ошиблась: в лице историка-византиниста, одного из создателей школы русской исторической литургики ИППО и в целом русское дело на Востоке обрели апологета, летописца и археографа. Пост вице-председателя ИППО занимал член Государственного совета сенатор Н.М. Аничков, педагог, более сорока лет отдавший делу народного образования и прошедший путь от учителя уездного училища до товарища министра народного просвещения. В связи с событиями Русско-японской войны и революции резко снизились доходы общества от ежегодного общецерковного «вербного» сбора и частных пожертвований. Было решено обратиться к так называемому бессарабскому капиталу (доходам от имений, преклонённых к святым местам на Востоке), который находился в трёх ведомствах: в Синоде, Министерствах внутренних дел и народного просвещения. 22 апреля 1905 г. Н.М. Аничков вручил Елизавете Фёдоровне докладную записку о пособии обществу по 25 тыс. руб. в год от каждого из трёх ведомств. 28 мая ею были подписаны рескрипты на имя Константина Петровича Победоносцева, Александра Григорьевича Булыгина и Владимира Гавриловича Глазова.