В 1447 г. псковичи помирились с новгородцами, «добиша челом» Евфимию II и «взяша мир по старине и крест целоваша». В декабре 1449 г. Евфимий II приехал в Псков и совершил в Троицком кафедральном соборе литургию. Как свидетельствует третья Псковская летопись, «господина же владыку много чтише, и дарише, и проводиша его из своеи земли и до рубежа с великою честью». То же повторилось в 1453 и 1457 гг. Сергей Васильевич Белецкий связывает с этим примирением включение Пскова (не раньше весны-лета 1448 г.) в актовых и сфрагистических источниках в титулатуру Новгородского архиепископа. Будучи фактически главой новгородского боярского правительства (собиравшегося на владычном дворе), Евфимий II благословлял и скреплял своей печатью государственные акты Великого Новгорода. По свидетельству летописи, Новгородский архиерей имел военных слуг – «молодцев» (в 1451 г. он построил для них «молодецкую»). Поездка Евфимия II в августе 1445 г. «за Волок благословити новгорочкую вотчину, и свою архиепископъю, и своих детей», как полагают исследователи, была связана с тем, что незадолго до этого Двинская земля подверглась нападению шведов. Закладка архиепископом в 1448 г. каменной крепости в Яме, как полагают исследователи, была вызвана тем, что крепость раньше дважды осаждали ливонские войска. В 1450 г. Евфимий II начал ремонт укреплений Новгородского кремля, были также укреплены стены Ладоги (ныне Старая Ладога). Евфимий II участвовал в урегулировании конфликтов Великого Новгорода с Москвой. В 1441 г. возглавлял делегацию новгородцев на переговорах о возмещении Новгородом великому князю Василию II Васильевичу невыплаченных даней. Архиепископу удалось предотвратить разорение московскими войсками Новгородской земли, был заключён мир «по старине», новгородцы заплатили 8 тыс. руб. В 1456 г. Евфимий II заключил с великим князем Василием II Яжелбицкий мир, по которому новгородцы выплатили 10 тыс. руб. серебром («за залоги, за княжчины»). В этом же году великокняжеская семья подарила Евфимию II для Софийского собора плащаницу. Как полагают исследователи, её привёз князь Юрий Васильевич, посетивший Новгород после заключения Яжелбицкого мира. Евфимий II поддержал князя Дмитрия Георгиевича Шемяку на начальных этапах борьбы с князем Василием II за великое княжение Московское. Утратив Москву, Дмитрий Шемяка обратился в 1449 г. к Евфимию II с просьбой принять в Новгороде его жену и сына и получил положительный ответ. Семья Дмитрия Шемяки поселилась в Юрьевом новгородском монастыре, туда же была привезена казна Дмитрия Шемяки. 2 апреля 1450 г., после поражения под Галичем, князь Дмитрий прибыл в Новгород, где союз двух сторон был скреплён крестоцелованием; об этом событии сообщает новгородский владычный летописный свод 1460 гг. XV в. (Летопись Авраамки), где это действие не подвергается порицанию. Однако вскоре Евфимий II отказался от прямой поддержки Дмитрия Шемяки и искал пути примирения с великим князем Василием II. Митрополит Иона, вставший на сторону великого князя Василия II, обратился в 1451–1452 гг. с посланием к Новгородскому архиепископу, в котором требовал не только отказать Дмитрию Шемяке в поддержке, но и вообще не иметь с ним никакого общения как с отлучённым от церкви. Евфимий II в ответ писал, что «прежнии митрополиты таких грамот с тягостью не посылали», и настаивал на праве новгородцев давать приют приезжающим в Великий Новгород князьям.