После неудачных переговоров с новгородцами зимой 1452/1453 гг. митрополит Иона вновь обратился с посланием к Евфимию II, в котором просил содействовать миру, но Дмитрий Шемяка, по-видимому, не согласился на условия великого князя. Известны также грамоты в Великий Новгород Василия II, написанные после смерти Дмитрия Шемяки. В первой содержится адресованное Евфимию II требование не дать жене Дмитрия Шемяки вывезти из Новгорода казну, во второй говорится, что жалобы москвичей на грабежи новгородцев рассматривались «перед владыкою и перед посадники в полате», но новгородские власти «управы не учинили». Сохранилась грамота Евфимия II Верендовскому монастырю во имя святителя Николая, по которой братию обители и её крестьян мог судить только Новгородский архиепископ и вызывать их на суд могли только чиновники архиепископа. Это – первое сохранившееся свидетельство об усилиях Новгородских архиереев, направленных на подчинение им монастырей епархии. По благословению Евфимия II в 1450 г. (датировка Валентина Лаврентьевича Янина) была подтверждена жалованная грамота Великого Новгорода Троице-Сергиеву монастырю на беспошлинный провоз товаров по Двине (Северной Двине). Благодаря Евфимию II осуществилась местная канонизация Новгородских святителей и князей. Согласно основной редакции Жития архиепископа Илии (Иоанна; вторая половина XV в.), 4 октября 1439 г. в паперти Софийского собора в приделе Иоанна Предтечи откололся и упал сверху камень, разбив надгробную плиту, под которой были обнаружены нетленные мощи неизвестного святителя. Евфимию II во сне явился архиепископ Илия (Иоанн; 1166–1186 гг.) и, сообщив, что мощи принадлежат ему, повелел в день обретения мощей творить память погребённых в Софийском соборе князей, княгинь и святителей новгородских. В том же году, как сообщает первая Новгородская летопись Младшего извода, «архиепископ Еуфимии позлати гроб князя Володимера, внука великого князя Володимера, и подписа; такоже и матери его гроб подписа, и покров положи, и память им устави творити на всякое лето месяца октября в 4». Вскоре пономарь Софийского собора Аарон рассказал Евфимию II о бывшем ему видении Новгородских святителей, молившихся за Великий Новгород в алтаре Софийского собора и перед Корсунской иконой Божьей Матери. Святитель «бывь радостен о таковем явлениие», велел служить панихиду по Новгородским архиепископам. По мнению Александра Степановича Хорошева, в связи с этим чудом Евфимий II установил 10 февраля отдельное празднование памяти девяти Новгородских архиереев: святителей Иоакима Корсунянина, Луки Жидяты, Германа, Аркадия, Гавриила, Мартирия, Антония, Василия Калики и Симеона. Однако, как указал В.Л. Янин, служба этим святителям под 10 февраля известна не раньше XVII в., в более древних Служебниках панихиды по «преждеотшедшим» Новгородским владыкам и князьям указаны под 4 октября. По инициативе Евфимия II произошло, как полагают исследователи, окончательное оформление почитания иконы Божьей Матери «Знамение», ставшей одной из главных святынь Великого Новгорода.