В том же году Евгений ответил пространным трактатом «Записка... о лучшем способе воссоединения униатов с Православной Церковью». Он рассматривал семь способов: применение грубой силы (отвергал его, называя незаконным и неэффективным), созыв Вселенского собора (считал его невозможным по политическим причинам), организацию диспута между представителями сторон (этот путь мог привести к затягиванию процесса), издание материалов по каноническому праву и богословию, назначение в районы с преобладающим униатским населением способных и безупречных в нравственном отношении иерархов, организацию образования и школьного дела и особенно правильное преподавание вероучения. В этом документе ярко отражена его вера в преобразовательную силу просвещения. В последний период жизни Евгений издавал книги духовного характера. Перевёл на греческий язык двухтомный трактат Адама Зерникава «Об исхождении Святого Духа только от Отца» и сочинение Новгородского и Санкт-Петербургского митрополита Гавриила (Петрова) о литургии и правилах православной церкви (СПб., 1799 г.), опубликовал свои работы: «Размышления на пять книг Моисея» (1801 г.) в двух томах, «Церковную историю первого христианского века» (1805 г.), «Метафизику» (1805 г.; включала учение об онтологии, о космологии и психологии) и др. В Санкт-Петербурге жил на Васильевском острове, недалеко от академической типографии, в 1801 г. поселился в Александро-Невской лавре. Живо интересовался делами Республики Семи Соединённых Островов, созданной в 1800 г. на Ионических островах под двойным протекторатом – России и Турции. В последние часы жизни Евгения с ним был Димитрий Неранцис, уполномоченный по делам республики в Санкт-Петербурге. Евгений умер в лавре, похоронен там же в Феодоровской церкви (в советское время территория была занята ЦНИИ «Прометей», к 2007 г. захоронение не обнаружено). Евгений был почётным членом Санкт-Петербургской Академии Наук (1776 г.), Лондонского общества древностей, членом Вольного экономического общества (1792 г.). Награждён орденом св. Александра Невского (1797 г.). Согласно его завещанию, две бриллиантовые панагии (одна из них была подарена ему в 1805 г. императором Александром I) были переданы Республике Семи Соединённых Островов на пользу будущей Ионической академии. Из капитала в 10 тыс. руб. по 1 тыс. руб. было завещано афонской и патмосской школам, церкви на Корфу, в которой хранились мощи Спиридона Тримифунтского, церкви на Занте, св. местам Иерусалима, святому монастырю Екатерины на Синае, полтавскому Крестовоздвиженскому монастырю и новопостроенным греческим церквам в Херсоне и Таганроге. Остальные средства передавались родственникам и друзьям, а также нищим и на погребение.