Свои неизданные труды Евгений завещал Зою Зосиме для публикации. Из рукописей, принадлежавших Евгению, в греческом собрании Отдела рукописей Российской национальной библиотеки хранятся Толковое Евангелие 1062 г. (на листе 4 помета Евгения о приобретении этой рукописи в монастыре Павла и Чудотворца Спиридона у иеромонаха Софрония в 1757 г.), а также сборники произведений смешанного содержания (на листе 76 послание против латинян, на листе 57 письмо спрашивавшим, где находятся души после смерти, на листах 89–122 введение в риторику). Дмитрий Александрович Ровинский, указав пять гравированных листов с изображением Евгения, воспроизвёл наиболее выдающийся портрет, выполненный в технике чёрной манеры в 1805 г. в Санкт-Петербурге гравёром Карлом Вильгельмом Зеелигером по рисунку академика Феодосия Ивановича Яненко. Евгений представлен поколенно, сидящим у стола вполоборота влево, в рясе и чёрном клобуке, с панагией, орденом на ленте и звездой на груди, возле правой руки раскрытая книга и чернильница с перьями. Лист входил в число произведений, за которые гравёр был избран «назначенным» в академики императорской Академии Художеств. Известен другой портрет Евгения, награвированный пунктиром в 1792 г. в Санкт-Петербурге англичанином Дж. Уокером по оригиналу Г. Скливаса (Церковно-археологический кабинет Московской духовной академии). Поясное изображение иерарха с окладистой седой бородой, заключённое в овал в прямоугольнике, тоже представляет его как учёного, в кабинете возле стола на фоне книжного шкафа, в архиерейской мантии и клобуке, с панагией на груди (награды отсутствуют), правой рукой перелистывающего страницы книги. Лист был помещён в издании сочинения Евгения «Историческое разыскание о времени крещения российской великой княгини Ольги» (СПб., 1792 г.). Гравировальная медная доска этого портрета находилась в Академии Художеств. Иконография была воспроизведена в той же технике около 1843 г. гравёром Василием Храмцевым по заказу Платона Петровича Бекетова (для издания Бекетов П.П. Портреты именитых мужей Российской Церкви, с приложением их критического жизнеописания. М., 1843 г.; экземпляры с Государственная публичная историческая библиотека, Церковно-археологический кабинет Московской духовной академии). Раскрашенный «зеркальный» вариант, без изображения рук, есть на литографии середины XIX в., изданной Иосифом Христофоровичем Дациаро, с подписью мастера: «L. Loire» (Церковно-археологический кабинет Московской духовной академии). Гравированный портрет 1766 г., а также предположительное погрудное изображение Евгения без подписи (на некоторых оттисках пометы карандашом: «Дамаскин», «отец Павел») были напечатаны в Лейпциге. По сведениям Д.А. Ровинского, живописный портрет Евгения находился в Музее Одесского общества истории и древностей.