За семь лет, проведённых в Саксонии, опубликовал многие из своих авторских и переводных работ, в том числе «Логику» (1766 г.), где излагал историю философии, «Православное исповедание» (1767 г.), переводы сочинений Феодорита Кирского и Иосифа Вриенния. Написал ряд новых сочинений. Вёл оживлённую полемику с Вольтером, с которым его объединял интерес к православному населению Польши. Познакомился с математиком Яношом Андрашом Сегнером, перевёл его книгу «Элементы математики». Был знаком с прусским королём Фридрихом II. В 1770 г. по заказу русского двора перевёл с французского языка на греческий «Наказ» российской императрицы Екатерины II. В Саксонии Евгения поддерживал господарь Валахии и Молдавии Григорий III Гика, который, вероятно, содействовал его приглашению в Россию. Их объединяли ностальгия по Византии и надежда на освобождение греков от ига Османской империи с помощью России. Первое приглашение Евгения в Россию было передано от имени Екатерины II через Семёна Кирилловича Нарышкина 22 июня 1770 г. Ему предлагалось преподавать в Сухопутном шляхетском кадетском корпусе. Однако Евгений отказался, ссылаясь на слабое здоровье и недостаточное знание русского языка. 5 октября того же года последовало новое приглашение, переданное через Григория Васильевича Козицкого. 7 декабря Евгений получил письмо от графа Владимира Григорьевича Орлова, в котором говорилось о намерении императрицы назначить ему ежегодное жалованье в 1 тыс. руб. и предлагалось пользоваться фондами Патриаршей библиотеки. 27 декабря 1770 г. Евгений написал из Лейпцига письмо с положительным ответом. Прибыл в Санкт-Петербург 26 июля 1771 г., на следующий день был представлен Екатерине II. Его приезд в Россию был обусловлен интересом русского образованного общества к греческому Востоку. В то же время это событие было критически встречено многими соотечественниками Евгения. Сам он выступал за объединение интересов русского и греческого народов и рассматривал свою деятельность как направленную в пользу филэллинизма. Был убеждён в том, что Россия рано или поздно примет непосредственное участие в делах православного Востока. При русском дворе Евгений получал ежегодное жалованье 1,5 тыс. руб. и 1 тыс. руб. на дорожные расходы, его обслуживали, по меньшей мере, двое слуг. По свидетельству переводчика Ивана Ивановича Мартынова, у Евгения был строгий распорядок дня: он спал не больше трёх часов, а остальное время посвящал молитве, работе, приёму посетителей, чтению; переводил с французского и итальянского языков трактаты по восточному вопросу, состоянию Османской империи и судьбе христиан в ней. Самым заметным авторским произведением Евгения в этот период был очерк «Рассуждение на действительно критическое состояние Оттоманской Порты», опубликованный в 1772 г. на греческом и французском языках, а в 1780 г. – на русском. Он отмечал, что Османская империя готова рухнуть, и нельзя упускать возможность создать на территории европейской Турции греческое государство. 3 августа 1774 г. написал на аттическом диалекте греческого языка героическую оду (победную песнь) в честь Екатерины II и победы России в войне с Османской империей. В 1775 г. ода была переиздана в Москве с параллельным греческим и русским текстом.