Борьба внутри ВСЕХБ сопровождалась массовыми обращениями баптистских активистов в Совет по делам религиозных культов, распространением в самиздате открытых писем и неподцензурного «Братского листка». Власти, вначале прибегнув к репрессиям против «инициативников», в дальнейшем были вынуждены пойти на определённые уступки. В 1963 г. был санкционирован созыв съезда ВСЕХБ, который отменил «Инструктивное письмо...» и заменил Положение о ВСЕХБ новым Уставом, предоставлявшим общинам баптистов сравнительно большие права. Тем не менее, в 1965 г. возглавляемые Инициативной группой баптистские общины вышли из состава ВСЕХБ и организовали Совет церквей евангельских христиан-баптистов (СЦЕХБ). Общины, вошедшие в СЦЕХБ, не получали государственной регистрации, и их члены испытывали серьёзные притеснения со стороны властей. Члены руководства СЦЕХБ постоянно находились под угрозой ареста, большинство из них отбыли несколько сроков заключения, в промежутках между которыми они были вынуждены жить на нелегальном положении. С февраля 1964 г. действовала первая в СССР религиозная правозащитная ассоциация – Совет родственников узников евангельских христиан-баптистов. Совет собирал и распространял информацию об арестах и осуждении единоверцев, о фактах отобрания детей у родителей за воспитание их в религиозном духе, о разгонах молитвенных собраний, о штрафах, о конфискациях домов, в которых проводились богослужения, об увольнениях баптистов с работы за то, что они верующие, притеснении их детей в школах; о составлении обращений с ходатайствами об освобождении заключённых баптистов; об оказании материальной и иной помощи узникам и их семьям. У общин баптистов был собственный самиздат, содействовавший их правовому просвещению. Совет издавал информационные выпуски – «Чрезвычайные сообщения», а с 1971 г. – бюллетень. Баптисты-«инициативники» опирались на поддержку влиятельных баптистских общин в зарубежных странах. В 1979 г., после кампании по сбору десятков тысяч подписей американских баптистов, был освобождён из заключения секретарь СЦЕХБ Г.П. Винц, депортированный в США. Тем не менее, с начала 1980 гг. репрессии против баптистских активистов вновь усилились: среди находившихся в то время, по данным правозащитников, в СССР в местах заключения «за веру» около 300 человек баптисты составили половину. Движение за права пятидесятников возникло в 1970 гг. и было связано, прежде всего, со стремлением организовать их эмиграцию из СССР как преследуемой религиозной группы.