С подобной же осторожностью государство относилось и к тем конфессиям, которые являлись частью надгосударственных структур: «Католики, протестанты, баптисты, евангелисты, адвентисты и многие другие имеют центры и органы управления вне досягаемости советской власти». Тем не менее, власти СССР пытались поставить под свой контроль и эти конфессии. Наиболее сильное и организованное сопротивление подобная политика встретила в Литве. В отличие от православной церкви в СССР избежавшая гонений в 1920–1930 гг. католическая церковь сохранила там сильную организацию и пользовалась массовой поддержкой населения. В 1959 и 1961 гг. за отказ сотрудничать с Советом по делам религий и культов Литовской ССР епископы Римско-католической церкви Винцентас Сладкявичюс и Юлиёнас Степонавичюс были высланы из епархий в маленькие города на севере Литвы. Однако литовские священники продолжали считать ссыльных епископов своими духовными руководителями и ездили к ним за советами и распоряжениями. Ватикан не лишил высланных епископов их титулов и не назначил на их кафедры других епископов. Впоследствии папа Римский Иоанн Павел II произвёл епископа Винцентаса в кардиналы. В 1982 г. ему была возвращена свобода перемещения, в следующем году он посетил Ватикан в составе делегации католических священников из СССР. С 1972 г. выходила регулярная «Хроника Литовской Католической церкви», в которой сообщалось о случаях нарушения прав верующих и о протестах против этих нарушений. По инициативе созданного в 1978 г. Католического комитета защиты прав верующих большинство священников Литвы практически отказались соблюдать принятое в 1976 г. в Литовской ССР Положение о религиозных объединениях. Не имевшая легального статуса в СССР Украинская греко-католическая церковь (УГКЦ) обладала развитыми, нелегально существовавшими структурами церковной организации в западных областях Украины, но открытая деятельность греко-католиков в защиту своих религиозных прав проявлялась в 1960–1970 гг. слабо. Правозащитные группы в СССР отреагировали на несколько судебных процессов на Западной Украине над священниками подпольной УГКЦ, однако правозащитная организация самих украинских греко-католиков возникла достаточно поздно. В сентябре 1982 г. пять греко-католиков во главе с И. Тереблей объявили себя Инициативной группой защиты прав верующих и церкви, а уже в декабре того же года И. Теребля был арестован, а его группа прекратила существование. Наибольшую активность в защите своих религиозных прав демонстрировали евангельские христиане-баптисты. В 1960 г. под давлением властей руководством Всесоюзного совета евангельских христиан-баптистов (ВСЕХБ) было разослано «Инструктивное письмо старшим пресвитерам» с предложением ограничить миссионерскую деятельность. Также было разработано новое Положение о ВСЕХБ, вводящее серьёзные ограничения на деятельность общин баптистов. Значительная часть общин отказалась принять подобные изменения и поддержала Инициативную группу во главе с Георгием Крючковым, Георгием Петровичем Винцем и Алексеем Фёдоровичем Прокофьевым, обвинившую руководство ВСЕХБ в нарушении евангельских принципов и потребовавшую созыва съезда баптистов СССР.