К концу 1992 г. «патриарх» Мстислав изменил отношение к УПЦ КП и объявил объединительную акцию Филарета (Денисенко) и Антония (Масендича) их частным делом. Скрыпник признал факт лишения сана Филарета Московским патриархатом и в свою очередь объявил лишёнными сана Антония (Масендича) и Владимира Романюка – главных инициаторов создания УПЦ КП. Однако эти акты пребывавшего в США «патриарха Киевского» не были обнародованы на Украине. Филарет (Денисенко), прежде заявлявший, что УАПЦ – это «канализация, куда текут все нечистоты», теперь возглавил автокефалистский раскол, оттеснив от управления его первоначальных лидеров – Мстислава Скрыпника и Антония (Масендича). Ранее почти не умевший говорить по-украински, теперь Филарет (Денисенко) старался подчеркнуть приверженность националистическим убеждениям. Показателем его доминирующего положения в УПЦ КП стала весьма необычная акция, предпринятая им вскоре после «объединительного Собора»: изверженный из сана бывший митрополит Киевский заново рукоположил большинство «архиереев», перешедших под его начало из УАПЦ. При поддержке президента Л.М. Кравчука и депутатов-националистов Тернопольского, Поровского, Червоного, Скорика и др. УПЦ КП стала крайне агрессивно действовать против канонической церкви и расширять свою структуру на всей территории Украины. Несмотря на то что вне Западной Украины раскол не находил поддержки у большинства православного населения, здесь при содействии государственных властей УПЦ КП передавались храмовые здания. Некоторые храмы УПЦ были захвачены при помощи боевиков УНА-УНСО и других экстремистских формирований, которым Филарет (Денисенко) стал активно покровительствовать. Во второй половине 1992 – начале 1993 гг. при поддержке националистических политиков приверженцы УПЦ КП организовали серию захватов православных храмов: были захвачены кафедральные соборы в Луцке, Ровно и храмы в ряде других городов. Несколько раз боевики из УНА-УНСО пытались захватить Киево-Печерскую лавру, но монахам и мирянам удавалось её отстоять. Чтобы обеспечить себе господствующее положение в УПЦ КП, Филарет (Денисенко) назначал на ключевые посты в раскольническом сообществе своих ставленников. С этой целью «заместитель патриарха» проводил многочисленные «епископские хиротонии». Нередко филаретовских «епископов» ставили на кафедры, которые существовали в УПЦ КП практически номинально: за пределами Западной Украины многие епархии раскольников включали лишь по несколько приходов, и то, как правило, малочисленных. Так, например, к 1 января 1993 г. в Днепропетровской и Полтавской епархиях УПЦ КП было всего по пять приходов, в Житомирской и Харьковской – по четыре, в Запорожской и Одесской – по три, в Сумской – два, в Донецкой, Кировоградской и Луганской – по одной религиозной общине. Новые «епископы», ставленники Филарета (Денисенко), в короткий срок заняли в УПЦ КП доминирующее положение и оттеснили «архиереев», начинавших деятельность в УАПЦ. Прежний авторитарный стиль церковного руководства Филарет (Денисенко) демонстрировал и в новых условиях. Многие «епископы» УПЦ КП не пожелали терпеть произвола «заместителя патриарха» и стали приносить покаяние, возвращаясь в лоно канонической церкви. Только за полтора года, прошедшие с момента создания УПЦ КП, её покинуло 12 раскольнических «архиереев», в том числе один из создателей УПЦ КП Антоний (Масендич).