При поддержке президента Л.М. Кравчука Филарет сохранил за собой контроль за денежными средствами УПЦ. Президентскими указами были устранены с постов чиновники, которые отказывали Филарету в поддержке. В их числе оказался и председатель Совета по делам религий Николай Андреевич Колесник, его место занял Арсен Зинченко, поддерживавший Филарета. Л.М. Кравчук и А. Зинченко объявили незаконными решения харьковского Архиерейского собора УПЦ. Президиум Верховной Рады Украины по инициативе депутата Дмитрий Васильевич Павлычко (греко-католика по вероисповеданию) принял заявление, в котором харьковский Собор объявлялся не только незаконным, но и неканоническим. В то же время вопреки негласному приказу властей о поддержке филаретовцев далеко не все структуры МВД были на стороне Филарета (Денисенко). Так, когда накануне приезда митрополита Киевского и всея Украины Владимира в Киев боевики из УНА-УНСО совершили нападение на Киево-Печерскую лавру и пытались штурмом овладеть монастырём, монахи и верующие отбили их натиск совместно с подразделением ОМОН «Беркут», прибывшим для обороны лавры от националистов. Несмотря на поддержку властей и большие финансовые возможности, Филарет (Денисенко) оказался в полной изоляции со стороны канонического православия. В создавшейся ситуации для него оставался один выход – пойти на объединение с УАПЦ, которую он недавно обличал как раскольническую. Для того чтобы снять напряжение в отношениях с государственной властью и избежать обвинений в незаконности, православные иерархи во главе с митрополитом Киевским и всея Украины Владимиром решили провести новый Собор УПЦ в стенах Киево-Печерской лавры. Назначен он был на 27 июня 1992 г. Собор был призван ещё раз подтвердить решения харьковского Собора. Зная о планах проведения Собора канонической церкви, Филарет (Денисенко) решил опередить события и при поддержке властей Украины объединиться с УАПЦ в одну конфессию – «Украинская православная церковь – Киевский патриархат» (иначе – Украинская православная церковь Киевского патриархата, или УПЦ КП). Создание УПЦ КП юридически ликвидировало как УАПЦ, так и УПЦ, представленную в объединительной акции лишь Филаретом (Денисенко) и Иаковом (Панчуком). Филарет надеялся, что тем самым каноническая церковь, наибольшая по численности приходов и приверженцев конфессия Украины, с момента «объединения» окажется вне закона и потеряет все права. Без ведома престарелого «патриарха» УАПЦ Мстислава Скрыпника при поддержке властей и содействии депутатов-националистов между Филаретом (Денисенко) и представителями УАПЦ состоялись переговоры об объединении. Этому в значительной мере способствовало то, что в июне 1992 г. на соборе УАПЦ в Киеве управляющему делами УАПЦ «митрополиту» Антонию (Масендичу) были предоставлены исключительные полномочия, и было разрешено принимать в отсутствие Мстислава наиболее важные решения самостоятельно, хотя и после предварительной телефонной консультации с пребывавшим в США «патриархом». По словам Антония (Масендича), на «епископат» УАПЦ оказали сильное давление депутаты Верховной Рады Д.В. Павлычко, Н. Скорик, Л. Червоный, В. Поровский, Тернопольский и др., которые настаивали на объединении с Филаретом, ссылаясь при этом на распоряжение президента Л.М. Кравчука.