23 августа в Донском монастыре патриарх принял покаяние митрополита Владимирского Сергия (Страгородского), уклонившегося на короткий срок в обновленчество. 21 октября того же года в Михайловской церкви Донского монастыря в присутствии 30 архиереев патриарх Тихон совершил наречение архимандрита Мануила (Лемешевского) во епископа Лужского. 9 декабря 1924 г. два злоумышленника проникли в домик у ворот, где жил патриарх Тихон. Заметив келейника Якова Полозова, преградившего путь в келью, один из нападавших бросился на него с ножом и убил. Смерть келейника потрясла патриарха, и он благословил похоронить его в Малом соборе Донского монастыря. Однако власти не дали на это разрешения, и келейник был похоронен у южной стены храма. Патриарх Тихон скончался 7 апреля 1925 г. На погребении в Малом соборе обители 12 апреля присутствовало много иерархов и около 300 тыс. мирян. Художник Павел Дмитриевич Корин, поражённый отпеванием и похоронами патриарха, задумал главную, но так и оставшуюся незавершённой картину «Русь уходящая». В бывших покоях патриарха Тихона (слева от надвратного Тихвинского храма) открыт мемориальный музей, где хранится облачение святителя – саккос, митра, чётки и другие предметы, найденные в его могиле при обретении мощей. В 1922–1924 гг. настоятелем Донского монастыря был архимандрит Алексий (Палицын). На 1927 г. в обители было 24 человека, из них четверо – «служители культа». С 1924 г. часть помещений Донского монастыря занимала детская трудовая колония, районный подотдел по борьбе с огородными вредителями, а также созданный в 1929 г. Антирелигиозный музей, в который свозились иконы и священные предметы из закрытых и разрушенных храмов столицы. Так, на стенах Донского монастыря были помещены барельефы взорванного в 1931 г. храма Христа Спасителя и другие фрагменты архитектуры снесённых зданий Москвы. В конце 1920 гг. дирекция музея неоднократно обращалась в Московский отдел народного образования с жалобами на то, что на территории монастыря «ведётся торговля святой водой, образами, поповской дореволюционной литературой» (Центральный государственный исторический архив Москвы). Музей также преградил доступ к южной колокольне, сданной Донскому монастырю в бесплатное пользование. Одновременно в 1925–1928 гг. Донской монастырь был резиденцией так называемого григорианского раскола. Именно в Донском монастыре с согласия ОГПУ 22 декабря 1925 г. состоялось совещание десяти архиереев, которые, игнорируя переход высшей церковной власти к Заместителю Патриаршего Местоблюстителя митрополиту Сергию (Страгородскому), образовали так называемый Временный Высший Церковный Совет (ВВЦС) под председательством Свердловского архиепископа Григория (Яцковского). Раскольникам были переданы два храма из четырёх, действовавших в то время на территории обители (Центральный государственный исторический архив Москвы). В начале 1930 гг. Донской монастырь был окончательно закрыт, в 1934 г. в монастыре организован Музей архитектуры.