На кладбище Донского монастыря были перезахоронены: в 2000 г. – Иван Сергеевич Шмелёв с супругой, в 2005 г. – Иван Александрович Ильин с супругой, генерал Антон Иванович Деникин с супругой. Некрополь Донского монастыря является богатейшим собранием монументальной надгробной скульптуры, включает белокаменные саркофаги с пышным барочным декором, строгие надгробия классицизма, украшенные тончайшим резным орнаментом, типовые надгробия. Ряд надгробий выполнены выдающимися русскими скульпторами Иваном Петровичем Мартосом, Василием Ивановичем Демут-Малиновским, Иваном Петровичем Витали и др. В начале XX в. у южной стены Донского монастыря образовалось так называемое Новое Донское кладбище. На нём похоронены историк Москвы Пётр Васильевич Сытин (1885–1968 гг.), архитектор Илья Евграфович Бондаренко, деятели науки, искусства. На Новом кладбище был устроен первый в столице мемориальный комплекс «Вечный огонь» (1959–1960 гг.) как памятник воинам, погибшим под Москвой в 1941–1942 гг. и похороненным в братских могилах. В 1904–1914 гг. по проекту и под наблюдением Зиновия Ивановича Иванова здесь была построена церковь во имя Серафима Саровского и княгини Анны Кашинской с приделами Успения Пресвятой Богородицы и равноапостольной Марии Магдалины и Сошествия Святого Духа и Всех святых. Под храмом в три яруса находились склепы. В 1925–1927 гг. церковь была переделана в первый в Москве крематорий (закрыт в 1973 г.). Храм передан Донскому монастырю и вновь освящён в 1998 г. После революции в соответствии с декретом «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» всё движимое и недвижимое имущество Донского монастыря перешло в собственность государства, которое, в свою очередь, предоставило обители право безвозмездного пользования имуществом и заключило договор с монастырской общиной. Братия отнеслась к декрету терпимо, что отразилось в ответах на типичные вопросы анкеты об отношении к советской власти и к её декрету. Игумен Иона охарактеризовал своё отношение к декрету как «безразличное» (Центральный государственный исторический архив Москвы). «Сожалею», – кратко ответил иеродиакон Марк; иные писали: «Признаю, служу и повинуюсь» (Центральный государственный исторический архив Москвы). С 1922 г. в Донском монастыре происходило изъятие церковных ценностей – все предметы из золота и серебра, драгоценные камни были конфискованы государством «в пользу голодающих». К середине 1920 гг. в обители оставались только ковчег с частицами св. мощей, пять потиров, семь напрестольных крестов, 11 Евангелий, дароносица для причащения болящих, шесть наперсных крестов, а также ковчежец с мощами Афанасия Брестского, 42 саккоса, 200 фелоней, 180 стихарей, десять колоколов. 19 мая 1922 г. в Донской монастырь из московского Троицкого подворья, захваченного сторонниками обновленчества, в качестве узника прибыл патриарх Тихон. Святитель жил в монастыре под домашним арестом в двух комнатах монашеских келий. 1 июня 1923 г. возглавил богослужение, на которое собралось много народу.