С этого времени началась пора мученических подвигов Максима. Босой, без одежды, со скованными руками он был с позором проведен по улицам Константинополя и затем заключен в темнице. На суде его обвинили не только в церковном расколе, но и в том, что, будучи в Африке, он способствовал передаче тамошних провинций под власть мусульман. Папу Мартина вскоре сослали в Херсонес, где он и умер от голода. Участь Максима была еще печальнее, т.к. враги во что бы то ни стало хотели добиться его публичного раскаяния. Высланный вначале в городок Визию во Фракии, он в 655 г. был переведен в монастырь св. Феодора в Константинополе. Максиму вернули книги, вещи, дали возможность пожить в хороших условиях, а потом стали добиваться от него если и не отказа от своей веры, то, по крайней мере, молчания. Просили его оставить обсуждение спорных вопросов и не поднимать свой голос против императора, но Максим отказался. Как и раньше, ему указали на то, что новое исповедание веры не является волей одного императора, но принято на соборах епископов. Максим возразил, что, напротив, исповедание это было осуждено Римским собором. Ему указывали на неполитичность его поведения, ибо в тот момент, когда империи грозит нашествие мусульман, он воздвигает церковный раскол, сеет смуты и волнения. Видя, что Максим продолжает твердо держаться своих убеждений, судьи приказали жестоко бичевать его. Не добившись ничего, палачи, вытянув язык преподобного, отрезали его у самой гортани. Спустя некоторое время была отрезана у него и правая рука. Затем его сослали на Кавказ, в Аланию, и заключили в темницу в городе Шемари, где Максим, терпя постоянную нужду в самом необходимом, прожил еще три года.

В 680–681 гг. в Константинополе состоялся Пятый Вселенский собор по инициативе императора Константина IV Погоната (в переводе с греч. «погонат» – «бородатый»), который положил конец монофелитской ереси, признав православное учение о двух волях Христа, буквально повторявшее учение Максима Исповедника. Константин Погонат сразу после вступления на престол отправил к папе Домну просьбу прислать на Восток уполномоченных для обсуждения спорных вопросов. Но Домн за это время умер, а его преемник Агафон медлил с ответом, желая сначала заручиться поддержкой западного епископата. Всюду стали собираться соборы. В 680 г. в Рим съехалось 125 епископов. От их лица на Восток были отправлены депутаты с посланием, составленном в тоне самоуверенном и властном, в содержании отрицательно относившемся к монофелитству. Патриарх Константинополя Феодор, ссорившийся с Римом, был удален в 679 г., поэтому римские послы были приняты с почетом. Константин IV, отправляя письмо Домну, не думал созывать вселенского Собора, которому, на его взгляд, не благоприятствовало время, но после прибытия депутатов Запада отдал приказание созывать епископов, и Собор открылся в ноябре 680 г. на правах Вселенского. Таким образом, только нежелание ссориться с Римом заставило византийское православие покончить с монофелитской ересью.

Но если всего лишь двадцать лет назад с монофелитством боролись только три монаха (Софроний, Максим Исповедник и его ученик Анастасий, также принявший мученическую смерть), то теперь монофелитство на соборе энергично отстаивали только антиохийский патриарх Макарий и монах Стефан. Кроме того, был восстановлен мир с папством, нарушенный ссылкой папы Мартина I, а действующий папа, Агафон, отлучил от церкви Гонория I за отступничество. На последнем заседании было зачитано заявление, что собор «с распростертыми объятьями принимает представление святейшего и блаженного папы древнего Рима».