В 1959 г. в Жировицкий монастырь поступил афонский постриженик иеромонах Иероним (Коваль; ум. в 1964 г.), впоследствии духовник и насельников, и мирян. Его могила за алтарём Георгиевской церкви почиталась паломниками. 19 сентября 2006 г. останки старца перезахоронили на территории Жировицкого монастыря за алтарём Крестовоздвиженской церкви, рядом с могилой его ученика, старца схиархимандрита Митрофана (Ильина). В 1960 г. в Жировичи прибыли около 70 насельниц закрытых Гродненского и Полоцкого женских монастырей. Сёстры привезли в Жировичи святыни – мироточивую Владимирскую икону, список Красностокской иконы Божьей Матери, иконы с частицами мощей великомученика Пантелеимона, Евфросинии Полоцкой и др. В 1963 г. располагавшаяся в Жировицком монастыре семинария была закрыта, начался новый этап притеснений братии, прекращён доступ паломников к источнику под алтарём Успенского собора, часть монастырских строений была занята под больницу. Наместник монастыря в 1963–1969 гг. архимандрит Михей (Хархаров; впоследствии архиепископ Ярославский) отстаивал право Жировицкого монастыря на существование. В 1965–1978 гг. в Жировицком монастыре проживал на покое архиепископ Ермоген (Голубев). С монастырём, училищем и семинарией были связаны такие иерархи РПЦ, как митрополиты Иоанн (Снычёв) и Леонтий (Бондарь), архиепископы Даниил (Юзвьюк), Димитрий (Маган), Феодосий (Ковернинский), Боголеп (Анцух), Пимен (Хмелевский), Максим (Кроха), Афанасий (Кудюк), Софроний (Будько), Антоний (Черемисов), Константин (Горянов), епископы Мисаил (Крылов), Иннокентий (Сокаль), Софроний (Ющук), Иоанн (Хома), Серафим (Белоножко), Леонид (Филь) и др. В 1970–1987 гг. наместником Жировицкого монастыря был архимандрит Константин (Хомич; впоследствии архиепископ Брестский и Кобринский). При нём в обители подвизался эконом игумен Евфимий (Байдаков; впоследствии схиархимандрит Порфирий). В 1978 г. священноархимандритом Жировицкого монастыря стал митрополит Минский и Белорусский Филарет (Вахромеев), по инициативе и при участии которого в обители организованы ежегодные курсы для духовенства, не имевшего систематического духовного образования, прошёл епархиальный съезд клира и мирян Минско-Белорусской митрополии (1988 г.), проходят конференции и др. В 1980 г. благочинный обители архимандрит Афанасий (Кудюк) был хиротонисан во епископа Пинского, викария Минской епархии. С 1985 г. в Жировицком монастыре проживал схиархимандрит Иоанн (Маслов), ставший духовником обители. В 1987–1990 гг. наместником был архимандрит Стефан (Корзун). В 1989 г. в стенах Жировицкого монастыря была возрождена Минская духовная семинария, освящение которой совершил 23 июля 1989 г. Патриарх Антиохийский и всего Востока Игнатий IV. Ректором семинарии был наместник архимандрит Стефан (Корзун), а инспектором – благочинный игумен Гурий (Апалько), послушание духовника исполнял схиархимандрит Иоанн (Маслов). 4 марта 1990 г., после хиротонии наместника и ректора архимандрита Стефана (Корзуна) во епископа Пинского и Лунинецкого, наместником назначен архимандрит (впоследствии архиепископ) Гурий (Апалько). В Жировицком монастыре создавалась и первая в истории Белорусской православной церкви духовная академия. 16 сентября 1999 г. в Жировицком монастыре состоялся первый выпуск Минской духовной академии имени Кирилла Туровского.