Решением Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского) от 17 октября 1939 г. управление воссоединёнными территориями было поручено архиепископу Пантелеимону (Рожновскому) с пожалованием ему титула «Пинско-Новогрудский, экзарх Московской патриархии по епархиям западных областей Белоруссии и Украины». В Жировицком монастыре было устроено временное управление этой епархией. Наместник Жировицкого монастыря архимандрит Венедикт (Бобковский) в 1941 г. был хиротонисан в викарного епископа Брестского. Поселившиеся в нескольких монастырских постройках красноармейцы уничтожили часовню во имя Иоанна Крестителя на ручье Викня у монастырской ограды, демонстративно, на виду у богомольцев, вышедших после литургии из Успенского собора, расстреляли икону св. пророка. С первых дней Великой Отечественной войны Жировицкий монастырь оказался на оккупированной территории. Немецкие воинские части и комендатура заняли территорию Жировицкого монастыря, но благодаря вмешательству находившегося на покое в монастыре архиепископа Пантелеимона и епископа Брестского Венедикта (Бобковского) вскоре были выведены из Жировицкого монастыря. Архиепископу Пантелеимону немецкие власти предложили возглавить автокефальную Белорусскую церковь, потребовав от него не вступать в сношения ни с Москвой, ни с Варшавой. Но, возглавив Белорусскую церковь в сане митрополита Минского и Белорусского, Пантелеимон не пошёл на разрыв с предстоятелем Русской церкви, настаивая на том, что полная автокефалия может быть получена только каноническим путём. По благословению митрополита Пантелеимона насельник Жировицкого монастыря архимандрит Серафим (Шахмуть) вместе со священником Григорием Кударенко (впоследствии архимандрит Игнатий) был командирован для возрождения приходской жизни в Восточную Белоруссию. В 1941–1943 гг. жировичские миссионеры восстановили значительное количество приходов Минской, Витебской, Могилёвской и Гомельской областей, совершили множество крещений. В 1944 г. архимандрит Серафим был арестован органами НКВД по ложному обвинению в «пособничестве оккупантам» и замучен в лагере. В 1942–1943 гг. наместником Жировицкого монастыря был подвижник архимандрит Серафим (Кудрявцев). Его могила за алтарём Явленской церкви почитается как местными жителями, так и паломниками из Польши. В сентябре 1944 г., после освобождения Белоруссии от немецко-фашистских захватчиков, Жировицкий монастырь перешёл под управление архиепископа Минского Василия (Ратмирова). В 1945 г. часть зданий обители занял сельскохозяйственный техникум. В том же году в Жировицком монастыре были открыты богословско-пастырские курсы, в 1947 г., при архиепископе Минском Питириме (Свиридове), преобразованные в Минскую духовную семинарию. До закрытия духовной школы (1964 г.) ректоры семинарии, как правило, одновременно являлись наместниками Жировицкого монастыря: архимандриты Митрофан (Гутовский) и Леонтий (Бондарь). В 1956–1963 гг., при наместнике и ректоре архимандрите Антонии (Мельникове), были отреставрированы Никольская, Явленская и Крестовоздвиженская церкви, и начата настенная роспись Успенского собора. Архимандрит Антоний подготовил магистерскую диссертацию «Жировицкий монастырь в истории западных русских епархий» (1964 г.).