Геннадий спрашивал: «Да есть ли у вас в Кирилове, или Фарафонтове, или на Каменном книги: Селивестр, папа Римский, да Афанасей Александрейскы, да Слово Козьмы прозвитера на новоявльшуюся ересь на богумилю, да Послание Фотея патриарха ко князю Борису Болгарьскому, да Пророчьства, да Бытия, да Царьства, да Притчи, да Менандр, да Исус Сирахов, да Логика, да Деонисей Арепагит? Зане же те книги у еретиков все есть» (на основании названных сочинений судить о взглядах еретиков исследователям не представляется возможным; упомянутые тексты больше всего подходили для целей полемики с ересью; несомненно, они имелись в библиотеке Новгородского архиерейского дома, откуда рассылались по монастырям). В 1489 г. в Иосифов Волоколамский монастырь из Новгорода была послана «Книга Сильвестр», книги «Афонасий Александрийский» направлены в Волоколамский и Кириллов Белозерский монастыри, затем были разосланы списки «Дионисия Ареопагита». Игумен  Соловецкого в честь Преображения Господня монастыря Досифей предположительно в 1479–1484 гг. организовал переписку в Новгороде и отправил на Соловки Кормчую, Книгу пророчеств, «Беседу на богомилов» Космы Пресвитера, сочинения Псевдо-Сильвестра и Псевдо-Дионисия. В литературе утвердилось мнение, что под «Сильвестром, папой Римским» имелось в виду «Деяние Сильвестра», представляющее изложение полемики с эллинами и иудеями. Однако ознакомление со сборником из Российской государственной библиотеки (список, посланный Герасимом Поповкой Иосифу) убеждает исследователей, что перед нами не Житие папы Сильвестра, а сочинение Псевдо-Кесария «Святого Сильвестра и преподобнаго Антония истолкование о Святей Троице и о всей твари». На Руси трактат Псевдо-Кесария был ошибочно атрибутирован Римскому папе Сильвестру и Антонию Великому. Под «Афанасием Александрийским» имеются в виду Слова против ариан – сочинение с ярко выраженной полемической направленностью. В конце XV в. Мануил Траханиот, член семьи, близкой к архиепископу Геннадию, вместе с протопопом московского Благовещенского собора Феодором, несомненно, в связи с борьбой против жидовствующих, сделал новый перевод «Прения Афанасия Александрийского с Арием», оригинал которого был привезён Траханиотом из Рима. «Вопросо-ответы к Афонасию» входили фрагментами в Кормчие Ефремовской и Русской редакций и в сборники уставных чтений (наиболее ранний полный русский список находится в Российской государственной библиотеке, 1418 г.). «Слово Козмы Пресвитера на новоявившуюся ересь на богомилы» («Беседа на богомилов») было известно в древнерусской книжности с X в., но наиболее ранние полные списки датируются концом XV в. В Новгороде в архиепископство Геннадия имели хождение, по крайней мере, девять списков сочинения. Причины актуальности «Беседы на богомилов» заключались в возможности использования памятника в антиеретической борьбе. В Послании патриарха Фотия болгарскому князю Борису содержится изложение основ христианского учения, при этом важную часть трактата представляет поучение к князьям, на которых возлагается ответственность за правильную организацию христианской жизни своих подданных (Послание патриарха Фотия князю Борису известно только в редакции перевода Максима Грека). Книги «Пророчества... Бытия... Царства... Притчи» являются частями Ветхого Завета. Очевидно, речь идёт о четьем типе Библии, распространение которого относится к XV в.