Иосиф уподобляет свой труд усилиям преподобных Антония и Никона Черногорца, писавших свои сочинения в период нашествий соответственно персов и турок. Наиболее ранним свидетельством вступления Иосифа в полемику с ересью считается Послание преподобного епископа Нифонту Суздальскому, датируемое 1490–1494 гг. К этому же периоду исследователи относят послания Иосифа архимандриту Евфимию, Вассиану II (Санину). Наиболее поздним посланием Иосифа, связанным с полемикой, является Послание архимандриту московского Андроникова монастыря Митрофану (по косвенным признакам датируется исследователями не позднее лета 1504 г.). По мнению исследователей, параллельно с посланиями Иосиф работал над «Просветителем», который обнаруживает текстологические совпадения с эпистолярным наследием полемиста. Факт зависимости Послания архимандриту Митрофану (1504 г.) от Слов 12, 13 и 14 «Просветителя» позволяет исследователям утверждать, что к 1504 г., когда был созван Собор против жидовствующих, трактат существовал в составе Слова 14; Слова 15 и 16 «Просветителя» были написаны в 1505 г. Разгром влиятельного московского кружка жидовствующих стал следствием разрешения кризиса престолонаследия в семье великого князя. 11 апреля 1502 г. «князь велики Иван положил опалу на внука своего великаго князя Дмитреа и на его матерь Елену, и от того дни не велел их поминати в октеньях и в литиях, ни нарицати великим князем, посади их за приставы». 14 апреля соправителем великого князя стал княжич Василий. Приблизительно в это же время Иван III призвал к себе Иосифа Волоцкого для беседы о церковных делах, в ходе которой правитель покаялся в том, что «ведал новогородцких еретиков», и просил у волоцкого игумена прощения. В ответ Иосиф просил начать розыск еретиков, и великий князь послал его на какое-то «дело» (у исследователей есть основания полагать, что этим делом являлся «обыск» еретиков). В 1502 г. архимандритом Симонова монастыря, являвшегося в предыдущие годы оплотом сторонников митрополита Зосимы, стал брат Иосифа Вассиан. Как следует из Иосифо-Волоколамского патерика, какое-то время в Симоновом монастыре находился и сам Иосиф. Предположительно в Симоновом монастыре преподобный получил негативные сведения о Зосиме, ставшем главным объектом обвинений в ереси в посланиях Иосифа епископу Нифонту, брату Вассиану, архимандриту Евфимию. Во время второго свидания с Иосифом Иван III признался в том, что «ведал ереси их», «которую дръжал Алексей протопоп ересь и которую ересь дръжал Феодор Курицин», а также что «Иван-деи Максимов и сноху у мене мою в жидовство свёл». Великий князь дал обещание начать преследование еретиков, но до второй половины 1504 г. никаких карательных мер не последовало. По свидетельству Иосифа, при третьем свидании великий князь допытывался: «Како писано, нет ли греха еретиков казнити?» С целью повлиять на правителя Иосиф написал послание его духовному отцу архимандриту Андроникова монастыря Митрофану. По-видимому, на решение великого князя покончить с еретиками оказали влияние тяжёлая болезнь, начавшаяся 28 июля 1503 г., и неудачный для него исход Собора 1503 г., на котором правитель безуспешно пытался добиться передачи государству земель монастырей и архиерейских домов с назначением им содержания из казны.