В Москве Лаврентий Зизаний был принят несколько раз царём Михаилом Фёдоровичем и патриархом Филаретом, который благословил напечатать «Большой катехизис» после перевода его на церковнославянский язык и внесения исправлений. 18–20 февраля 1627 г. между Лаврентием Зизанием и книжниками Московского Печатного двора прошли прения в связи с внесёнными московскими редакторами в «Большой катехизис» изменениями. С русской стороны в них участвовали игумен московского в честь Богоявления монастыря Илия, справщик Григорий Анисимов, на первом прении присутствовали также князь Иван Борисович Черкасский и думный дьяк Фёдор Фёдорович Лихачёв. Московские книжники были не согласны с рядом положений «Большого катехизиса». Возражение вызвала трактовка западнорусским книжником взаимоотношений Ипостасей Святой Троицы, предполагавшая иерархичность: «Отец убо болии Сына и Духа Святаго есть, понеже от него оба имут Божество», в рукописи «Большого катехизиса» содержались и другие формулировки, отражающие мнение о неравноправности Лиц Святой Троицы. Долгие споры шли также о понимании Лаврентием Зизанием личных свойств каждой из Ипостасей Святой Троицы. Московские книжники отметили в его сочинении отражение теопасхизма: западнорусский книжник считал, что на Кресте Христос претерпел страдание не только плотью, но и Божеством (представления Лаврентия Зизания о субординационизме Ипостасей Святой Троицы и о страдании Божества на Кресте близки к учению современным ему антитринитариев-социниан). Московские справщики были не согласны с трактовкой Лаврентием Зизанием посмертной участи души. Западнорусский книжник признавал частный суд, совершающийся непосредственно после смерти человека. Души некоторых христиан, скончавшихся с покаянием, он помещал в «первом аду» (туда попадали души тех, кто, покаявшись, не успели исполнить епитимию за грехи); во «втором аду» (или «тартаре»), по его мнению, находятся души некрещёных. Из «первого ада» души могут быть освобождены по молитвам живущих христиан (в этом вопросе Лаврентий Зизаний воспроизводил с небольшими изменениями в формулировках современного ему католического учения: учение о загробной участи христиан, включающее понятия частного суда и чистилища (чистилищу соответствует «первый ад» в терминологии Лаврентия Зизания), и учение о покаянии, в соответствии с которым искупление греха состоит из двух частей – из прощения греха Богом на исповеди и из отбывания грешником наказания через исполнение епитимии или через ограниченные во времени посмертные мучения).