Резко выраженный антикатолический и антиуниатский характер имеет «Казанье святого Кирилла...». В толкованиях на 15-е огласительное Слово Кирилла, где речь идёт о знамениях наступления конца мира и прихода Антихриста, Стефан Зизаний писал о том, что эти знамения уже налицо, конец мира приближается, а Антихристом является Римский папа, имея в виду папство как институт. Отступление православных западнорусских епископов в унию и подчинение их папе Стефан Зизаний считал подтверждениями своего мнения о близком конце мира. К. Студинский доказал, что данные утверждения православного полемиста во многом основаны на изданном в 1594 г. трактате протестантского теолога З. Любберта «De papae Romano». При этом влияние протестантского богословия в других вопросах в сочинениях Стефана Зизания исследователи не прослеживают, а данное заимствование объясняют исключительно нуждами полемики с католиками. В «Казанье святого Кирилла...», как и в других сочинениях, Стефан Зизаний критиковал католическое учения о Filioque, о чистилище и частном суде, григорианский календарь, служение литургии на опресноках, способ причащения у католиков и др. В данном сочинении Стефан Зизаний вновь обратился к вопросам христологии, делая акцент на единократности совершённой Христом жертвы во искупление грехов человечества. Полемист писал: «Услышав Его называемым архиереем, не думай, что Он есть им всегда, ибо оно (архиерейство Иисуса Христа) было делом домостроительства; совершив его однажды…, воссел на престоле Отца и уже не пребывает ходатаем..., сидит, славимый, не молится… «телесным промыслом» Отцу»; «когда Христос был в теле, то был иереем и молился «телесным промыслом» Отцу, а вознесшись на небо… не молится» (перевод с «простой мовы»). Эти полемически заострённые против антитринитариев-социниан утверждения имел в виду Мелетий (Смотрицкий), обвинявший Стефана Зизания в том, что он «богохульствует на Христа, говоря, что Его священство и ходатайство уже прекратилось». Из «Казанья святого Кирилла...» исследователям понятно, что Стефан Зизаний различал проблему тринитарную и домостроительство спасения, хотя правильное подчёркивание «телесности» в земном служении Христа и приводило к возникновению выражений, вызвавших критику со стороны его оппонентов. Стефан Зизаний делал попытки разработать богословскую терминологию на «простой мове», в частности, в «Казанье святого Кирилла...» он объяснял разницу между «молитвой» к Богу о чем-либо, «мольбой» – «выхвалением Бога» и «приповеданием» – «кгды кто на укривжаючих оповедуется Богови, призываючи Его на помсту» и т.д. Катехизический характер имеет «Изложение о православной вере», ставшее первым восточнославянским опытом объяснения основных православных догматов и таинств (крещения и евхаристии) для детей. В издании 1596 г. «Изложение о православной вере» дополнено статьями «О знамении крестном», «О Вочеловечении Господни». «Лист Иеремии, патриарха Константинопольского, напоминальный» был издан Стефаном Зизанием в опровержение слуха о принятии Константинопольским патриархом григорианского календаря, сочинение адресовано одному из виленских братчиков.