Ипатий Потей писал: «Ересь... Стефана Куколя..., что святые... не в небе..., аж по судном дне воспримут вместе с телом (воздаяние)». Исследователям представляется важным замечание Мелетия о том, что отрицание Стефаном Зизанием частного суда связано с критикой тем католического учения о чистилище. В настоящее время православное учение о частном суде объединяет две традиции: западную, оперировавшую понятием «частный суд», и восточную, в которой такого понятия не было, его аналогом являлось учение о посмертных мытарствах души. Эти две отличавшиеся друг от друга традиции были объединены в русском богословии благодаря деятельности юго-западнорусских православных богословов, в частности, Димитрия Савича (Туптало), в XVII в. перенявших из католического учения понятие «частный (особенный) суд». В конце XVI в. для Стефана Зизания, получившего традиционное православное образование, понятие «частный суд» однозначно было связано с католицизмом, в первую очередь, с представлением о чистилище (ср. слова митрополита Макария (Булгакова) о том, что учение о частном суде и представление о чистилище имеют «сходство в основной мысли (идее)» – «что души некоторых умерших, именно умерших в вере и с покаянием, но не успевших при жизни принести плодов достойных покаяния... и не успевших заслужить от Бога полного прощения своих грехов... терпят мучения, пока не удостоятся действительно такового прощения и не очистятся»). Опровергая учение о чистилище, Стефан Зизаний отвергает представление о частном суде и как вывод из этого отрицает мздовоздаяние душам умерших блаженством в Небесном Царствии или мучением в аду до всеобщего Суда. Ему приходится придумать для душ скончавшихся праведников некий «земной рай», души грешников он помещает в ад, отличающийся от «пекла», куда попадут грешники после всеобщего Суда. Последняя мысль полемиста противоречит учению православной церкви о посмертном мздовоздаянии, в соответствии с которым праведники после смерти наследуют блаженство в Царствии Небесном, а грешники претерпевают страдания в аду. Полемика по данному вопросу отразила состояние православной богословствующей мысли в конце XVI в., до начала активного влияния на неё католического богословия, осуществлявшегося, в первую очередь, через католические (иезуитские) учебные заведения. Хотя критика оппонентов Стефана Зизания в некоторой степени справедлива (точка зрения Стефана Зизания в вопросе о месте пребывания душ умерших до Страшного Суда исследователи не могут признать приемлемой), данный спор свидетельствует о том, что Стефан Зизаний находился в русле православной богословской традиции и пытался её развивать, хотя не всегда правильно. В «Катехизисе» Стефан Зизаний критиковал также служение католиками литургии на опресноках, недопущение к причастию младенцев. Таким образом, данный труд должен был показать значительность расхождений между православной и католической церквами вопреки утверждениям католических и униатских писателей о том, что эти различия несущественны (например, униат Ипатий Потей писал князю Константину Острожскому: «Ничого нового... з стороны веры нашое нет, опроч... церемони, которую... Церков Божая отменити может»).