В Остроге расцвёл талант полемиста Клирика Острожского (псевдоним). В 1598 г. в Острожской типографии было напечатано его сочинение «Отпис на лист... Ипатия, Володимерского и Берестейского епископа». В 1599 г. написан, но не опубликован его ответ – «На второй лист... Ипатия епископа». В Остроге шла работа по переводу греческих сочинений. Во второй период существования Острожской академии в Острожской типографии были опубликованы переводы на церковнославянский язык трудов отцов церкви: «Книга о постничестве» Василия Великого (1594 г.), «Маргарит» Иоанна Златоуста (1595 г.). Цель этих изданий – способствовать исправлению образа жизни православных. В книгах содержались обращения издателей к читателям с призывом придерживаться благочестия. В 1611 г. неизвестный ученик Острожской академии перевёл с греческого на церковнославянский язык «Книгу... против различных еретиков, иудеев и сарацин...» («Книга блаженного Федора, названного Авукаром...»; сохранилась в рукописи). С 1594 г. исследователям известно о книжной деятельности в Остроге иеромонаха Киприана, которого считают учеником Кирилла Лукариса. Его первым литературным трудом является перевод с греческого «Бесед Макария Египетского» (1598 г.). 29 марта 1599 г. он завершил перевод сборника «Пчела». В 1603 г. в Дермани перевёл трактат «Синтагматион» Гавриила Севера. В феврале 1605 г. Киприан завершил перевод «Бесед на Евангелие» Иоанна Златоуста (все эти труды сохранились в рукописях). В 1606 г. в Остроге вышла книга «Лекарство на оспалый умысел человечей, а особенное на затверделые сердца людские, злоеденые светом, альбо которыми грехамы», которую составил священник Дамиан Наливайко. В издание вошли предисловие, послесловие, стихи составителя, два сочинения Иоанна Златоуста – «Слово о покаянии к Феодору мниху испадшему», «Слово о еже обаче въсуе матется всяк человек живый», а также «Завещание царя Василия Македонянина сыну Льву» (все произведения переведены Дамианом Наливайко с церковнославянского языка на «просту мову», оба варианта текста напечатаны параллельно). В этот период в Остроге были опубликованы богослужебные книги: Псалтирь с восследованием («Правило истинного живота христианского», 1598 г.), «Часослов» (1598, 1602, 1612 гг.), «Требник» (1606 г.). В 1603 г. типографию перенесли из Острога в Дерманский монастырь, где были изданы «Лямент дому княжат Острожских» (1604 г.; автор, как полагают исследователи, Дамиан Наливайко), «Октоих» (1604 г.), «Письмо патриарха Мелетия Пигаса Ипатию Потею» 1599 г. с предисловием Дамиана Наливайко (1605 г.). Составителями этих изданий были Иов (Княгиницкий) и Иов (Борецкий), тесно связанные с Острожским кружком. В конце 1605 г. или в начале 1606 г. типография вернулась в Острог. Упоминания об Острожской академии есть в 1617 и 1620 гг. Информация о том, что после пожара в 1617 г. учеников школы при острожском фарном костёле перевели в «академию русскую», является свидетельством успешного функционирования православного училища в это время. Ректором академии в эти годы был Савва Варфоломеевич Фляка (Флячич; в монашестве Самуил). В 1634 г. православный Луцко-Острожский епископ Афанасий (Пузына) вспоминал, что в 1618 г. получил суражские владения от нескольких лиц, в том числе от «Саввы Флячича, ректора и дозорные добр Суража и шпиталя Острожского». Из Острога Савва Флячич переехал в Межигорский в честь Преображения Господня мужской монастырь возле Киева.