Закон 1997 г. оговаривал причины отказа в регистрации религиозной организации государственными органами, подробно прописывал механизм ликвидации религиозной организации и вынесение запрета на деятельность религиозного объединения. Надзор и контроль за деятельностью религиозных объединений возлагался на Прокуратуру РФ и органы государственной регистрации религиозных организаций. Закон подтверждал права религиозных организаций строить и содержать культовые здания и сооружения, иные места и объекты, предназначенные для богослужений, молитвенных и религиозных собраний, религиозного почитания (паломничества); беспрепятственно совершать богослужения как в молитвенных зданиях и принадлежащих религиозной организации помещениях и на земельных участках, в местах паломничества, на кладбищах, так и в жилых помещениях и учреждениях по просьбе находящихся в них граждан; в общественных местах проведение массовых публичных богослужений осуществляется в порядке, установленном для проведения митингов, шествий и демонстраций. Закон затрагивал вопросы производства и распространения религиозными организациями религиозной литературы, печатных, аудио- и видеоматериалов и иных предметов религиозного назначения. За религиозными организациями закреплялось исключительное право учреждения организаций, издающих богослужебную литературу и производящих предметы культового назначения. Подтверждалось право религиозных организаций осуществлять благотворительную деятельность как непосредственно, так и путём учреждения благотворительных организаций, причём декларировалось оказание государственного содействия и поддержки благотворительной деятельности религиозных организаций, а также реализации ими общественно значимых культурно-просветительских программ и мероприятий. За централизованными религиозными организациями закреплялось исключительное право создавать духовные образовательные организации для подготовки священно- и церковнослужителей и персонала. Закон также рассматривал вопросы собственности религиозных организаций и пользования ими предоставленным имуществом, предпринимательской деятельности и трудовых отношений в религиозных организациях. С 2000 по 2018 гг. в текст закона «О свободе совести и религиозных объединениях» неоднократно вносились изменения. Чаще всего поправки были связаны с уточнением формулировок в соответствии с поправками в других федеральных законах. Наиболее существенные изменения были внесены законом от 2 июля 2013 г. в отношении расширения возможностей деятельности духовных образовательных организаций. Законом от 13 июля 2015 г. был отменён 15-летний обязательный срок существования религиозной организации, необходимый для её регистрации; установлены ограничения для лиц, выступающих учредителями религиозных организаций; введены санкции за несвоевременное предоставление религиозными организациями сведений о своей деятельности; установлены правила уведомления о деятельности религиозных групп. Закон от 30 марта 2016 г. уточнил порядок осуществления сделок по распоряжению недвижимым имуществом религиозных организаций. Важное значение имело внесение в соответствии с Федеральным законом от 6 июля 2016 г. в закон «О свободе совести и о религиозных объединениях» дополнительной главы – «О миссионерской деятельности». В целом, по мнению большинства экспертов, ныне действующий закон, ставший юридической основой конфессиональной политики современного Российского государства, вполне соответствует международным правовым нормам и обеспечивает как соблюдение мировоззренческих гуманитарных прав, так и полноценную деятельность религиозных организаций во всех сферах общественной жизни.