Наиболее важными новациями в законе были введение обязательного для регистрации 15-летнего срока существования религиозной группы в России, а также запрет миссионерской деятельности зарубежных религиозных организаций, не зарегистрированных в РФ. 23 июня того же года Государственная Дума приняла текст закона в третьем, заключительном, чтении. 4 июля закон был утверждён Советом Федерации. Однако для вступления закона в юридическую силу требовалось его одобрение Президентом РФ Б.Н. Ельциным. Принятие законопроекта Федеральным Собранием РФ вызвало резко негативную реакцию политического руководства западных государств и ряда религиозных организаций. Уже 24 июня, на следующий день после голосования по закону Государственной Думой в третьем чтении, папа Римский Иоанн Павел II направил письмо президенту Б.Н. Ельцину, в котором призвал не утверждать принятый парламентом закон, т.к. его отдельные статьи ограничивают свободу католического исповедания в России. 8 июля Президент США Билл Клинтон также обратился к Б.Н. Ельцину по поводу российского закона о свободе совести, якобы нарушающего права новых религий и конфессий. Примером жёсткого давления на руководство РФ стало решение сената США от 16 июля 1997 г. о прекращении программ помощи России в случае вступления в силу этого закона. В России против закона выступали либеральные политические партии, правозащитные организации и протестантские религиозные объединения. Поддержали принятие закона традиционные конфессии. 17 июля 1997 г. Патриарх Московский и всея Руси Алексий II (Ридигер) вместе с 48 архиереями Русской православной церкви обратился к Президенту РФ с настоятельной просьбой ввести в действие закон «О свободе совести и о религиозных объединениях», который «устраняет прежние правовые пробелы в области деятельности религиозных объединений и их взаимоотношений с государством, разумно и ответственно упорядочивает правовое положение религиозных объединений». 22 июля президент Б.Н. Ельцин отклонил закон «О свободе совести и о религиозных объединениях». В обращении к народу России по этому поводу президент согласился, что новый закон необходим для защиты нравственного и духовного здоровья россиян, противодействия проникновению в страну радикальных сект, однако заявил, что многие положения закона противоречат положениям Конституции РФ и принятым Россией международным обязательствам, а также сослался на негативные отзывы на текст закона со стороны ряда депутатов, общественных деятелей и на «критические отклики из-за рубежа». Патриарх Алексий II (Ридигер) в заявлении от 24 июля с сожалением отозвался о решении президента и выразил убеждённость в необходимости введения в действие закона без изменения его структуры и принципиальных положений. По мнению патриарха, содержащееся в преамбуле закона упоминание об уважении к христианству, иудаизму, буддизму и иным традиционно существующим в России конфессиям не имеет прямого юридического действия и не ущемляет прав религиозного меньшинств. Закон не вводил преимуществ или ограничений для религиозных организаций по вероисповедному признаку, при этом обозначенная в преамбуле закона особая роль традиционных конфессий есть в законодательствах многих западных стран. В тот же день президент Б.Н. Ельцин направил послание обеим палатам Федерального Собрания РФ, в котором указал конкретные статьи действующих правовых актов, в противоречие с которыми вступал принятый парламентом проект закона «О свободе совести и о религиозных объединениях», предложив устранить эти противоречия.