В августе 1997 г. Администрация Президента РФ и аппарат Государственной Думы пришли к соглашению о совместной работе над компромиссным вариантом законопроекта. Для доработки текста была создана рабочая группа с участием религиозных деятелей – членов Совета по взаимодействию с религиозными объединениями при Президенте РФ. Двусторонние консультации с представителями конфессий также проводились в Министерстве юстиции РФ. В результате было внесено 37 согласованных изменений в 14 статей закона. 2 сентября представители большинства участвовавших в работе над законопроектом конфессий обратились с просьбой к Президенту РФ внести в Думу их предложения в качестве официальных поправок, а к Государственной Думе – принять этот вариант. 3 сентября президент Б.Н. Ельцин направил в Государственную Думу новый вариант поправок к тексту закона. 16 сентября проект закона был опубликован в «Российской газете», после чего он был обсуждён и доработан в Комитете Государственной Думы по делам общественных объединений и религиозных организаций. 19 сентября 1997 г. согласованный с президентом проект закона был утверждён Государственной Думой. Выступая перед голосованием, депутат В.И. Зоркальцев сказал, что «...закон создаёт барьер на пути религиозной экспансии в Россию, препятствует развитию тоталитарных сект, ограничивает действие иностранных миссионеров и при всём этом создаёт условия для деятельности наших традиционных религий и конфессий». За принятие законопроекта голосовали 357 депутатов – больше, чем на всех предыдущих чтениях. 24 сентября закон был единогласно утверждён членами Совета Федерации, 26 сентября 1997 г. подписан президентом Б.Н. Ельциным и официально вступил в силу после публикации в «Собрании законодательства Российской Федерации» 29 сентября № 39. Ст. 4465 и в «Российской газете» 1 октября того же года. Закон РФ «О свободе совести и о религиозных объединениях» состоял из преамбулы и 27 статей, объединённых в четыре главы (первоначально): «Общие положения»; «Религиозные объединения»; «Права и условия деятельности религиозных организаций»; «Надзор и контроль за исполнением законодательства о свободе совести, свободе вероисповедания и о религиозных объединениях». Преамбула закона содержит изложение основных принципов и целей принятия закона. Наиболее ожесточённые дискуссии в ходе принятия закона вызвали признание в преамбуле особой роли православия в истории России, в становлении и развитии её духовной культуры и упоминание и перечисление религий, составляющих неотъемлемую часть исторического наследия народов России: христианство, ислам, буддизм, иудаизм. По мнению критиков закона, подобные формулировки могут произвести впечатление, что упомянутые конфессии юридически выделяются среди остальных. Однако содержание преамбулы не имеет самостоятельного нормативного значения, в отличие, например, от правовых актов других стран, в которых устанавливается особый правовой статус традиционных конфессий, а иногда конкретной религиозной организации придаётся статус государственной церкви. При этом преамбула Закона 1997 г. подтверждает фундаментальные принципы права каждого на свободу совести и свободу вероисповедания и равенство перед законом всех независимо от отношения к религии и убеждений. Закон даёт подробное описание реализации принципов религиозной свободы как для российских граждан, так и для иностранцев, которые пользуются правом на свободу совести и свободу вероисповедания наравне с гражданами РФ.