В июле 1996 г. Комитет Государственной Думы по делам общественных объединений и религиозных организаций внёс на парламентское обсуждение в первом чтении проект закона «О свободе совести и о религиозных организациях (объединениях)». Необходимость принятия нового закона, а не внесения изменений в прежний комитет объяснил отсутствием в законе «О свободе вероисповеданий» целого ряда норм, регулирующих в новых условиях деятельность религиозных организаций и их взаимоотношения с органами государственной власти, а также противоречие ряда положений Закона 1990 г., Конституции РФ 1993 г. и принятым позднее федеральным правовым актам. Тем не менее, некоторое время в ходе законодательной работы продолжали использовать оба названия законопроекта. 10 июля 1996 г. закон был принят Государственной Думой в первом чтении. В день голосования на пленарном заседании слово было предоставлено Смоленскому митрополиту Кириллу (Гундяеву; ныне Патриарх Московский и всея Руси), который на протяжении нескольких лет активно участвовал в работе над законопроектом как представитель Русчской православной церкви в правительственной рабочей группе и парламентской комиссии. Митрополит Кирилл (Гундяев) внёс несколько новых, согласованных с руководством других конфессий конкретных предложений для второго парламентского чтения закона. Во время продолжавшейся около года подготовки ко второму парламентскому чтению закона в Государственную Думу поступило больше 400 предложений о внесении в законопроект поправок от депутатов Федерального Собрания, законодательных собраний субъектов РФ, религиозных организаций. Замечания по проекту закона, принятому в первом чтении, в Государственную Думу направил Президент РФ, предложив снять ограничения на право создания религиозной организации для лиц, не проживающих постоянно в России, и исключить из оснований для запрещения религиозных организаций, деятельность которых может оказывать разрушающее влияние на общественную мораль; также президент высказал возражения по поводу преподавания в зданиях школ религиозно-образовательных дисциплин. Однако в ходе подготовки законопроекта ко второму чтению Комитет Государственной Думы по делам общественных объединений и религиозных организаций во главе с депутатом В.И. Зоркальцевым не принял президентские предложения. В большей степени в законодательной работе учитывались позиции органов власти российских регионов, наиболее влиятельных политических партий, пожелания представителей основных религиозных конфессий. Так, в частности, предложения поставить правовой заслон бесконтрольной деятельности деструктивных сект и зарубежных миссий высказал в обращении к депутатам Государственной Думы архиерейский Собор Русской православной церкви 18–23 февраля 1997 г. 18 июня 1997 г. закон «О свободе совести и о религиозных объединениях» был принят Государственной Думой во втором чтении. Внесённый на утверждение парламентом законопроект принципиально отличался от документа, утверждённого в первом чтении в 1996 г. В частности, по предложению депутата В.И. Зоркальцева в текст была включена преамбула, в которой упоминались основные традиционные религии как неотъемлемая часть общероссийского исторического, духовного и культурного наследия.