Закон подтверждал конституционный принцип отделения религиозных объединений от государства и равенство их перед законом, невмешательство государства в дела религиозных объединений и в определение гражданином своего отношения к религии и религиозной принадлежности, в религиозное воспитание детей родителями, в то, что никакая религия в стране не может быть признана в качестве государственной. При этом закон предусматривал возможность предоставления религиозным организациям налоговых и иных льгот, оказания им финансовой и иной помощи в реставрации, содержании и охране зданий и объектов, являющихся памятниками истории и культуры, а также в обеспечении преподавания общеобразовательных дисциплин в созданных религиозными организациями образовательных учреждениях. Подтверждалось право граждан на замену военной службы по религиозным убеждениям альтернативной гражданской службой, охрана тайны исповеди, право граждан на получение религиозного образования. В законе даётся определение религиозного объединения как добровольно созданного в целях совместного исповедания и распространения веры коллектива людей, обладающего соответствующими этой цели признаками: вероисповеданием; совершением богослужений, других религиозных обрядов и церемоний, обучением религии и религиозным воспитанием своих последователей. Закон ввёл деление религиозных объединений на две категории: религиозные группы и религиозные организации. Религиозные организации являются формой религиозных объединений, зарегистрированных в установленном законом порядке в качестве юридических лиц. В зависимости от территориальной сферы своей деятельности религиозные организации подразделяются на местные (состоящие не менее чем из десяти человек, проживающих в одной местности) и централизованные. В качестве религиозной организации признаются также учреждения и организации, созданные централизованной религиозной организацией. Деятельность религиозной группы не предполагает её государственную регистрацию и получение прав юридического лица. Возможность создания религиозной организации увязывалась с гражданством её учредителей. Закон детально описывает осуществление государственной регистрации религиозных организаций (первоначально она проводилась органами юстиции). Были ужесточены требования к уставам религиозных организаций. К принципиально новым нормам можно исследователи относят право государства затребовать от религиозной организации при регистрации сведения вероучительного характера. Религиозным организациям было вменено в обязанность ежегодно информировать зарегистрировавший её государственный орган о продолжении своей деятельности. По отношению к религиозным организациям вводилось требование подтвердить при регистрации её существование на территории России на протяжении 15 лет. Данное требование вызвало большое недовольство со стороны новых религиозных объединений, распространившихся на территории страны с начала 1990 гг. Однако фактически данная правовая норма так и не была полностью применена на практике, поскольку 23 ноября 1999 г. Конституционный суд РФ, признавая принцип, что закон не имеет обратной силы, принял решение о применении положения о 15-летнем сроке существования только к тем религиозным объединениям, которые были созданы после 1 октября 1997 г., основная же масса новых религиозных деноминаций возникла раньше этого срока.