В 1872 г. в Санкт-Петербурге было учреждено благотворительное «Общество подаяния помощи при кораблекрушениях» (с 1892 г. – Императорское общество спасения на водах). В 1873 г. Мария Фёдоровна приняла его под своё покровительство. Ежегодно с 1 января 1874 г. она вносила из личного бюджета добровольный членский взнос, составлявший 400 руб. Общество вело интенсивную и продуктивную деятельность. За период с конца марта по сентябрь 1875 г. были открыты семь спасательных станций на Балтийском море, по одной на Чёрном (в Таганроге) и Каспийском (в Апшеронском пароходстве) морях, ещё три станции были устроены на реках и озёрах – в Петрозаводске, Ярославле, Екатеринославской губернии; весь летний сезон в Киеве по акватории Днепра дежурили две спасательные лодки. В Балтийском море с целью предупреждения гибели людей во время кораблекрушения курсировали два крейсера и два бота, оснащённые различными спасательными принадлежностями. В 1875 г. благодаря сотрудникам спасательной станции только в Екатеринославской губернии были спасены 37 человек. Всего за 1872–1883 гг. при участии общества были спасены 6,8 тыс. человек, устроены 1079 спасательных пунктов, оснащённых различными необходимыми предметами (круги, пояса, палки с плетью и др.). Много сил и времени Мария Фёдоровна отдавала благотворительности и как частное лицо, жертвуя подведомственным заведениям личные средства. Почти ежедневно на её имя поступали прошения о помощи от людей, уповающих в надежде на «монаршую милость». В письмах также содержались прошения об устройстве детей на обучение или воспитание, о получении стипендии или пенсии, об устройстве на службу и др. Таких писем сохранилось несколько тысяч, и ни одно не было оставлено без внимания. Точную информацию о расходах Марии Фёдоровны содержат ежегодные памятные книги и месячные отчёты по капиталам императрицы, хранящиеся в Государственном архиве Российской Федерации. Расходная (или «собственная») сумма императрицы на год определялась в 225 тыс. руб., из которых 200 тыс. ассигновались из Государственного казначейства, 25 тыс. руб. покрывались доходами от принадлежавших Марии Фёдоровне ценных бумаг (включавших также приданое). Структура и объём расходов практически не изменялись на протяжении всех 52 лет, которые Мария Фёдоровна провела в России. Согласно Памятной книге 1916 г., из общей ежегодной расходной суммы императрицы на личные нужды предназначалось 137 тыс. руб. (т.е. 60% суммы: расходы на гардероб и туалет, подарки, жалованье прислуге, комнатные расходы и др.), 88 тыс. (40% личного бюджета) расходовалось на благотворительные цели: на содержание пансионов в благотворительных заведениях и воспитание детей – 30 тыс. руб. ежегодно, на пожертвования – 21 тыс., на денежные пособия – 30 тыс. (в случае народных бедствий и по просьбам частных лиц), на пансионы – 4 тыс., на «Приют в Бозе почивающего Цесаревича Николая Александровича» и Николаевскую частную школу Императорского женского патриотического общества – по 1,5 тыс. руб. Мария Фёдоровна была попечительницей томского во имя святого Иоанна Крестителя женского монастыря. При её содействии обитель стала одной из самых богатых в Сибири. При монастыре были открыты приют трудолюбия и дом трудолюбия, содержались 55 девочек-сирот, которые обучались грамоте и приобретали профессию; работали общеобразовательная школа для девочек, золотошвейная и золототкацкая мастерские, продукция которых пользовалась высоким спросом.