Общество заботилось о сиротах, опекало институты благородных девиц, оказывало помощь проживавшим в богадельнях, позднее – калекам, старикам, неимущим, которым предоставляло пропитание, жильё, выдавало денежные пособия или вносило плату за обучение и лечение. После смерти императорицы Марии Александровны император Александр II 22 мая 1880 г. издал манифест, обращённый к цесаревне Марии Фёдоровне, который гласил: «Мы исполняем сердечный долг в отношении всех учреждений Императрицы Марии, вверяя их Вашему Высочеству... Мы питаем твёрдую уверенность, что непосредственное Ваше покровительство послужит для означенных учреждений залогом преуспеяния и дальнейшего развития на пользу дорогого Отечества» (Государственный архив Российской Федерации). 29 мая 1880 г. был издан Рескрипт о назначении цесаревны управляющей Ведомством учреждений императрицы Марии. Встав во главе Ведомства учреждений императрицы Марии, Мария Фёдоровна, прежде всего, обратила внимание на проблему беспризорных детей и детей-сирот. Помощь детям стала приоритетной в деятельности ведомства и развивалась в двух направлениях – призрение младенцев в воспитательных домах и забота о подопечных в возрасте от 2 до 18 лет в детских приютах. По инициативе Марии Фёдоровны осуществлялась децентрализация системы воспитательных домов для новорождённых сирот. В начале 1880 гг. воспитательные дома в Российской империи существовали только в Москве и Санкт-Петербурге. В 1891 г. в память 25-летнего юбилея бракосочетания императора Александра III и Марии Фёдоровны были открыты так называемые серебряные приюты «Ясли» в нескольких губернских и уездных городах: Вологде, Полтаве, Екатеринославе, Петрозаводске, Риге, Томске, Рыбинске, Моршанске, Керчи, Таганроге. Так, 28 октября 1891 г. в Вологде, на Златоустинской набережной (ныне – набережная шестой Армии), в каменном здании, пожертвованном купцом Тимофеем Емельяновичем Колесниковым, был открыт приют для 200 младенцев. Приют существовал на пособия от земства и пожертвования частных лиц. В 1898 г. его капитал составлял больше 30 тыс. руб. В 1891 г. по инициативе императрицы было принято новое «Положение о детских приютах Ведомства учреждений императрицы Марии», упорядочивавшее их открытие и финансирование. Новое положение создавало благоприятные условия для привлечения капиталов частных лиц к благотворительной деятельности: устройству обездоленных детей, увеличению количества приютов в России, которые создавались в каждом губернском и во многих уездных городах. Если в конце 1880 гг. в Ведомстве учреждений императрицы Марии было только 129 детских приютов, в том числе 23 в столице и 13 в Москве, то к январю 1901 г. общее число всех учреждений Ведомства учреждений императрицы Марии, относящихся к отделению детских приютов, составило 428, из которых в Москве и Санкт-Петербурге было 219; только за 1900 г. возникло 85 новых учреждений. Особое внимание Мария Фёдоровна уделяла развитию образования женщин. В 1882 г. по её инициативе были открыты первые женские училища для малообеспеченных девушек-горожанок всех сословий и вероисповеданий, чьи родители не располагали средствами для предоставления детям образования в гимназии.