В царствование Михаила Фёдоровича продолжилось освоение земель в Восточной Сибири, началось строительство городов и острогов Енисейска (1619 г.), Красноярска (1628 г.), Якутска (1632 г.), были отправлены экспедиции за ясаком в Приамурье в 1640 гг., которые способствовали наполнению казны пушниной и другими товарами. В 1620 г. была учреждена Тобольская епархия (см. Тобольская и Тюменская епархия), охватившая отдалённый край страны. Архиепископу Киприану (Старорусенкову) были выделены немалые средства, организован его двор, кафедра наделена владениями, царь и патриарх поддерживали его миссионерскую деятельность среди народов Сибири. В 1630 гг. с помощью иноземных купцов – Андрея Денисовича Виниуса, Филимона Филимоновича Акемы, Петра Гавриловича Марселиса – организованы первые железоделательные и медеплавильные заводы под Тулой, Каширой и Калугой. В России была осуществлена попытка начать добычу золота и серебра. Острый дефицит финансовых средств в условиях военных действий вызвал к жизни ряд царских распоряжений о ревизии церковного имущества и налаживании процесса денежных сборов в казну, в первую очередь, с монастырских имений. Эти меры отчасти были продиктованы и недовольством посадских общин ростом числа частных владений, освобождённых от налогов. В 1613–1619 гг. начался пересмотр жалованных грамот, сыск «закладчиков» (посадских людей, перешедших под покровительство церковных владельцев). Но с возвращением патриарха Филарета (Романова) эти меры были остановлены, а царские пожалования патриаршему двору увеличились. В Патриаршую область вошли около сорока городов с пригородами и уездами, духовенство которых было подчинено не только духовной, но и светской юрисдикции патриарха (гражданские подати, суд по мирским делам). Вместе с тем жалобы на духовных лиц в других епархиях рассматривались по-прежнему в государственном учреждении – в Приказе Большого дворца, при этом были установлены определённые сроки для разбора таких дел. В 1628 г. были отменены царские указы 1580–1584 гг., ограничивавшие рост церковного имущества за счёт пожалований родовых и выслуженных вотчин светских феодалов «на помин души». Было провозглашено право церкви на все земли, приобретённые до 1613 г.; лишь для владений, купленных после этого года, отмечалась возможность родового выкупа. При этом духовные учреждения, как правило, не получали освобождения от главных государственных налогов. Даже Троице-Сергиев монастырь пользовался только привилегией платить налоги по ставке, установленной для поместных земель. В 1630 – начале 1640 гг. в России наблюдается рост враждебного отношения светских сословий дворянства и горожан к правам и привилегиям церкви.