Летом 1615 г. князь Борис Михайлович Лыков-Оболенский разбил казачье войско атамана Михаила Ивановича Баловнева, подошедшее к Москве для поступления на государеву службу, но отказавшееся подчиниться правительству в связи с разбором «вин» казаков. В августе (сентябре) того же года князь Дмитрий Михайлович Пожарский разгромил Александра Юзефа Лисовского, с весны разорявшего Чернигово-Северскую землю. В первые годы царствования Михаил Фёдорович постоянно созывал Земские соборы, где обсуждались важные вопросы военной и финансовой политики, утверждались экстраординарные налоги (сборы запросных и пятинных денег), ставшие основным финансовым инструментом в пополнении казны. Восстанавливалась разрушенная система учёта поместий и окладов служилых людей путём проверки их прежних поместных и денежных окладов, проведения нового верстания и раздачи жалованья. Однако в это время Михаил Фёдорович находился под влиянием «временщиков» бояр Бориса Михайловича и Михаила Михайловича Салтыковых, племянников матери царя, а также самой «великой старицы» инокини Марфы (Шестовой), которое сказалось, в частности, в том, что царь в 1616 г. не смог вступить в брак со своей избранницей Марьей Ивановной Хлоповой. Женился в 1624 г. на княжне Марии Владимировне Долгорукой (ум. в 1625 г.), а после её смерти в 1626 г. – на Евдокии Лукьяновне Стрешневой (1608–1645 гг.). В последнем браке родился будущий царь Алексей Михайлович (1629–1676 гг.). Михаил Фёдорович продолжил боевые действия с Речью Посполитой и со Швецией, которые стремились подчинить себе Русское государство (так, шведский король Густав Адольф II осаждал Псков). В 1617 г. был заключён русско-шведский Столбовский мир, по которому Новгород вернулся в состав Русского государства, но были утрачены Карелия и новгородские пригороды. Критическая ситуация сложилась во время похода в Московское государство претендовавшего на русский трон королевича Владислава (будущий польский король Владислав IV Ваза) в 1617–1618 гг. Однако штурм Москвы его войсками 1 октября 1618 г. был отбит, и в том же году с Речью Посполитой царь заключил Деулинское перемирие на 14,5 лет, по которому Речи Посполитой отошли Смоленщина и Северская земля. В начале правления Михаила Фёдоровича его основной заботой в области государственно-церковных отношений было возвращение из польского плена на родину наречённого патриархом Ростовского митрополита Филарета (Романова). Это означало восстановление института патриаршества, также пострадавшего в период Смуты. До возвращения Филарета (Романова) при местоблюстительстве Казанского и Свияжского митрополита Ефрема и Сарского и Подонского митрополита Ионы (Архангельского; 1613–1619 гг.) одним из центральных для государства и церкви был вопрос об отношении к православному населению в восточнославянских землях. Ему уделил внимание церковный Собор 1616 г., который принял обращение к православным восточнославянских земель порвать с польско-литовской властью и перейти под власть Михаила Фёдоровича. Собор также поддержал решение Земского собора о денежном сборе с монастырей на ратных людей в условиях продолжавшихся военных действий.