После прибытия в Москву в июне 1619 г. Филарет (Романов) был возведён на патриарший престол. Совместное правление царя и патриарха, сына и отца, воспринималось как «премудрая двоица» и оценивалось как воплощение византийского идеала «симфонии священства и царства». Вместе с тем Филарет (Романов), выходец из боярской среды, соблюдал осторожность в области церковного управления, сохраняя баланс интересов и полномочий светской и духовной властей. При патриархе Филарете (Романове) вопрос об отношении к западному христианству был поставлен в центр государственной и церковной политики. Собор 1620 г. принял решение об обязательном перекрещивании католиков вместо ранее допускавшегося чина миропомазания, утвердив чины принятия в православие; эти решения касались и православных, приходящих из Речи Посполитой; следовало выяснять, правильно ли они были крещены, кем и т.д. Время совместного правления Михаила Фёдоровича и патриарха Филарета (Романова) исследователи определяют как добровольно принятое Михаилом Фёдоровичем «двоевластие» с опорой на советы отца. Упоминая о патриархе Филарете (Романове), почти сразу стали называть его не просто «отцом» и «богомольцем», как полагалось по отношению к Московским патриархам Иову или Ермогену, а писали «великий государь» и «святейший патриарх». Несмотря на придание двору патриарха Филарета (Романова) некоторых внешних атрибутов вроде чина патриарших стольников, служба у них не была столь почётной, как у государевых стольников. Патриарх участвовал в принятии многих решений по делам внутренней и внешней политики, но фактически верховное значение власти царя оставалось неизменным. В 1620 гг. были достигнуты наибольшие успехи в «устроении» земли, совершился переход от чрезвычайных условий Смуты к постепенному мирному развитию. Было начато строительство городов, восстановлена система налогового учёта, упорядочена служба дворян и детей боярских, составлена смета русского войска. Братья Б.М. и М.М. Салтыковы в 1623 г. были отстранены от государственных дел и отправлены в ссылку в вологодские и галичские деревни, их лишили боярских и дворцовых чинов и записали в службу в московских дворянах. В 1622 г. был произведён «большой сыск» поместных и денежных окладов служилых людей, в 1626/1627 г. начато «валовое» писцовое описание поместных и вотчинных земель, продлившееся до 1630 гг. (а в отдельных случаях – и до начала 1640 гг.). Оно установило новые нормы для фискальных сборов по сошному письму с посадов и уездов Русского государства. Упорядочение сборов, отказ от практики чрезвычайных займов у населения, переход от прямого к косвенному обложению с изменением структуры налогов в пользу сборов с таможен и кабаков позволили наполнить казну. Принимались меры по усовершенствованию местного управления, повышению роли губных старост, выполнявших полицейские функции в уездах. Впрочем, план повсеместного введения в 1627 г. выборных губных старост из «дворян добрых» и отказа от посылки сыщиков в уезды по разбойным делам в полной мере не удался. В Москве и других городах возобновилось каменное церковное и светское строительство.