В 1312 г. папа Римский Климент V постановил распустить Орден тамплиеров и передать орденское имущество госпитальерам. В 1307–1311 гг. в папской курии проходил схожий процесс против Тевтонского ордена в Ливонии. Орден святого Иоанна смог избежать преследования: размещение центра Ордена на независимом Родосе вне юрисдикции королей и вдалеке от папской курии, а также поддерживаемая военными операциями против турок крестоносная риторика гарантировали госпитальерам сохранность орденских структур. После папского решения о передаче Ордену имущества тамплиеров (1312 г.) и завоевания Родоса европейские приораты госпитальеров постепенно были реорганизованы. С XIV в. существовали приораты Барлетта, Венеция, Капуя, Ломбардия Мессина и Рим (в Италии); Арагон, Кастилия-Леон, Каталония, Наварра и Португалия (на Пиренейском полуострове); Аквитания, Овернь, Сен-Жиль, Тулуза, Франкия и Шампань (во Франции); Англия и Ирландия (на Британских островах), а также Богемия, Венгрия, Германия, Дакия (Скандинавия) и Польша. После покорения Родоса в 1310 г. Орден приступил к организации своих органов управления на острове. Местное население состояло из православных греков, в столице была небольшая еврейская община. Госпитальеры пытались привлечь на остров западноевропейских переселенцев-католиков, но их количество всегда оставалось ограниченным. Ордену необходимо было договариваться с православным населением, чтобы утвердить свою власть на острове. Уже в 1309 г. госпитальеры заключили соглашение с православным митрополитом Родосским: православная митрополия на Родосе и соседних островах была формально подчинена папе Римскому, назначения греческих священников и настоятелей монастырей с этого момента утверждались Орденом, но православная церковь сохраняла в богослужении византийский обряд. Еврейское население Родоса также долгое время не подвергалось гонениям. Орден привлекал еврейских врачей к работе в госпитале. Однако, несмотря на многолетнее успешное сотрудничество, в 1503 г. евреи были всё же изгнаны с Родоса под предлогом их нежелания принять христианство. Население острова приносило клятву верности не всему Ордену, но лично магистру, который руководил Родосом фактически в качестве государя. Именно на Родосе руководитель Ордена начал именовать себя «великим магистром» («magnus magister»). Постепенно вокруг магистра сложился двор помощников во главе с сенешалем. На Родосе орденская структура претерпела изменения. В городе Родос размещался центр Ордена, официально называвшийся конвент (conventus). Там же был создан коллахий (collachium) – отделённый стеной «город рыцарей», где проживали госпитальеры. В столице созывался генеральный капитул, на котором помимо магистра должны были присутствовать конвентуальные и капитулярные бальи, представители всех приоратов и «языков» («lingue») Ордена. «Языками» назывались региональные группы братьев-рыцарей, занимавших должности в Ордене на паритетной основе. К «языкам» относились итальянские, английские, немецкие, три французские (Франция, Овернь, Прованс) и две испанские группы. Конвентуальные бальи – высшие должностные лица конвента, распределённые между «языками»: адмирал (итал. «язык»), драперий (испан. «язык»), великий прецептор (Франция), маршал (Овернь), госпитальер (Прованс), туркопольер (англ. «язык»), великий бальи (нем. «язык») и канцлер (второй испанский «язык»). Туркопольер руководил легковооружёнными вспомогательными войсками и наёмниками.