Кэт Марсден описала встречу с Мелетием: «Наконец добрались до Якутска; тут я имела счастье увидеть преосвященного Мелетия; его ласковую встречу я никогда не забуду. Он принял меня с такими словами: “Вы иностранка и чужая, но вы чадо общего нашего Господа и Спасителя, я Его слуга – и во имя Его принимаю вас и благословляю и благодарю, что вы прибыли с целью помочь моим бедным прокажённым”. Преосвященный – истинно верный служитель Христов, и деятельность его простирается не только на город Якутск и близкие его окрестности, но он посылает своих миссионеров за тысячи вёрст с Благою вестью любви Христовой и чужестранцам, как я, он простирает руки, как отец. В Якутске с помощью преосвященного мы основали комитет для помощи прокажённым». При содействии Кэт Марсден началось устройство колонии для прокажённых недалеко от Вилюйска. Позднее из Москвы для работы с прокажёнными приехали три сестры милосердия и опытный врач Д.С. Гимер. 5 декабря 1892 г. под Вилюйском Мелетий освятил колонию для прокажённых (лепрозорий) с церковью во имя великомученика Пантелеимона и зимним лазаретом. Молитвенный подвиг Мелетия, его труды и заботы способствовали прекращению эпидемии в крае. Об этом стало известно не только в России, но и за рубежом: Мелетий получил благодарственное послание от Эдварда Бенсона, архиепископа Кентерберийского, примаса всей Англии и митрополита. В мае 1891 г. Мелетий был награждён орденом князя Владимира второй степени, 12 февраля 1893 г. избран почётным членом православного Князь-Владимирского братства в Берлине, в 1895 г. указом императора Николая II награждён орденом князя Александра Невского. За семь лет служения в Якутии Мелетий побывал в большинстве храмов края, преодолев в поездках 30 449 вёрст пути. Проповеди, миссионерские отчёты и записки Мелетия продолжали печататься как в столичной, так и в местной периодике. В частности, вышли его книги и статьи: «Исторические сведения о Темлюйской Введенской церкви», «Пустынник Варлаам, основатель Иоанно-Предтеченского скита в Чикойских горах», «Страдалец иеромонах Дамаскин, из первых ставленников св. Иннокентия», «Буддийская космогония», «Положение новокрещеного в среде язычников», «Старый Сибирский тракт», «Подлинное христианское имя покорителя Сибири Ермака Тимофеевича», «Якутский Спасский монастырь: Владетельные акты на земли и угодья монастыря в древний период его существования».