Однажды Мелетий проехал больше 2 тыс. вёрст: частично по воде, частично по суше, встретился с полярной экспедицией исследователя и учёного Фритьофа Нансена. В честь этой встречи Мелетий при прощании с членами экспедиции заложил на Кумуксурке молитвенный дом во имя святого пророка Илии. Мелетий считал, что местное население нуждается, прежде всего, в просвещении, поэтому особо заботился об открытии церковноприходских школ. Со времени вступления в управление якутской паствой Мелетий установил обычай в местной семинарии во второй и в третий дни Пасхи совершать Божественную литургию на якутском языке, благодаря чему обратил в православие многих якутов. На собственные средства приобретал книги для церковных библиотек, в первую очередь, экземпляры Священного Писания. При активном участии и попечительстве Мелетия в Якутске был организован областной музей. В сентябре 1892 г. Мелетий освятил новое здание Якутского епархиального женского училища, затем – его домовый храм во имя святых мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии. В поучении, сказанном за Божественной литургией, он призвал воспитанниц «обучать себя ко благочестию (1 Тим. 4:7) подвигом добрым и постоянным… При воспитании часто забывается нравственная сторона человека, испорченность греховная и наклонность к нарушению нравственного долга. Если не противодействовать превратным стремлениям души, не поможет никакое внешнее образование». 16 августа 1892 г. Мелетий основал в Якутске Церковное братство во имя Христа Спасителя, поставившее целью миссионерско-просветительную деятельность на северо-востоке Российской империи. Особую заботу Мелетий проявил о людях, больных проказой, которых при обнаружении малейшего признака болезни полностью изолировали от общества: увозили далеко в лес, ставили убогую юрту или шалаш, снабжали одеждой, давали кремень с огнивом и оставляли в полном одиночестве. Больной человек не мог долго сам добывать пищу в тайге, где сложно выжить даже здоровому человеку, и был обречён на скорую смерть. Святитель детально ознакомился с условиями жизни прокажённых и выступил инициатором публикации в «Якутских епархиальных ведомостях» статьи врача Якутской гражданской больницы К.В. Несмелова «Проказа в Вилюйском округе», в которой ярко описывалась судьба несчастных. Общественная реакция на эту статью была незамедлительной: к борьбе с проказой подключились российские и зарубежные добровольцы; потёк обильный поток пожертвований. Архипастырь обратился за помощью ко всем православным людям. Сила его слова была столь велика, что в Якутск приехала сестра милосердия из Англии Кэт Марсден, известная неутомимыми трудами по изысканию средств на строительство лепрозориев и имевшая опыт лечения прокажённых.