В Вербное воскресенье, когда слушатели Казанской духовной академии находились во дворе, и мимо них проходили на панихиду университетские студенты, некоторые воспитанники академии присоединились к ним, в том числе Мелетий священник Яхонтов. На ектениях причт в присутствии академического духовенства и Мелетия поминали «убиенных рабов Божиих», а священник Яхонтов – с прибавлением: «...Убиенных за свободу и любовь к Отечеству». Агитировавшие за проведение панихиды-манифестации были сразу же уволены. Относительно Мелетия после рассмотрения всех обстоятельств и по указу митрополита Московского и Коломенского Филарета (Дроздова) Синод 16 сентября 1861 г. постановил: «Иеродиакона Мелетия, по вниманию к выказанному начальниками и наставниками духовной академии о нём одобрению и удостоверению об участии его в панихиде только по уступчивости характера, а также имея в виду из особого отдела ревизовавшего академию преосвещенного Никодима, епископа Чебоксарского, следует иеродиакона Мелетия послать в Посольский Спасо-Преображенский монастырь Иркутской епархии, где он под надзором епархиального начальства может быть полезен в миссионерских занятиях». Накануне выпуска из академии Мелетий был направлен в Сибирь. Но по представлению академического руководства ему было разрешено подать сочинение на соискание кандидатской степени с места служения. Впоследствии за работу «О переводной церковно-канонической литературе в древней России» Мелетий получил звание кандидата богословия. Летом 1862 г. Мелетий прибыл в Посольский в честь Преображения Господня монастырь. Начало его служения совпало с открытием в мае того же года Селенгинского викариатства для обращения бурят-язычников в православие и с назначением на должность викария епископа Вениамина (Благонравова). В одной из первых бесед Вениамин (Благонравов) признался Мелетию: «Я чем больше живу, тем больше вижу, что всё, что не от меня, то ко благу моему». В декабре 1862 г. Мелетий был рукоположён во иерея, вскоре назначен в Селенгинское бурятское ведомство и в третью конную бригаду. Через несколько месяцев молодого проповедника направили на самостоятельную миссионерскую работу в Кударинскую степную думу. Здесь он столкнулся с трудностями в деле распространения православия среди шаманов-ламаистов и политических ссыльных, проживавших в Сибири. Скудное финансирование миссии и природные условия мешали миссионерскому служению. Положение улучшилось с учреждением Православного миссионерского общества: жалованье увеличилось со 150 до 400 руб. в год. Из этих средств миссионеры выделяли значительную долю на разъезды по станам и улусам, на подарки новокрещёным инородцам (крестики, иконки, рубашки для крещения). В записках Мелетия говорится и о формальном отношении христиан из числа инородцев к исполнению ежедневных молитв. Новопросвещённые христиане покупали церковные свечи для возжжения перед иконами в домах и при этом «успокаивали свою совесть тем только, что ставили свечи, но не молились». Также «крещёные инородцы не составили отдельных от язычников селений, там, если сами они не совращались в язычество, потомство их почти всегда терялось для православия».