В 1882 г. Мелетий организовал и открыл в Чите церковное Братство во имя святых Кирилла и Мефодия и святителя Иннокентия. За усердие в проповеди православия и плодотворные литературные труды Мелетий был избран действительным членом Холмского Свято-Богородицкого братства с выдачей знака братства второй степени. В 1886 г. в связи с вызовом архиепископа Вениамина (Благонравова) в Москву для присутствия в Синоде Мелетию было поручено управление храмами Забайкальской области на правах епархиального архиерея. В Чите отчасти по инициативе матери Мелетия, вдовствующей старицы Александры Капитоновны Якимовой, сложилась женская Богородицкая миссионерская община, для которой священник Пётр Царевский пожертвовал большой участок земли на окраине города. Купец Алексей Дмитриевич Коротков и ссыльнопоселенец Дмитрий Иринархович Завалишин пожертвовали два одноэтажных деревянных дома. Летом 1886 г. был заложен каменный фундамент под постройку монастырского корпуса. Епископ особо поддержал устроение женского монастыря со специальными миссионерскими целями, т.к. часто инородцы, приняв крещение, становились чуждыми своим соплеменникам-язычникам (особенно женщины, которые оказывались без средств к существованию). Монахиня Павла (Трегубова) и рясофорная послушница Екатерина стали первыми насельницами общины. 25 марта 1887 г., в день Благовещения Пресвятой Богородицы, Мелетий уведомил телеграммой архиепископа Иркутского Вениамина (Благонравова): «...Сейчас состоялось открытие читинской женской Богородицкой общины; освящены места для храмов». 30 мая 1889 г. Мелетий освятил для общины церковь во имя святой мученицы Александры. В 1893 г. указом Синода община была преобразована в женский общежительный монастырь. 5 июля 1889 г. Мелетий возглавил самостоятельную Якутскую и Вилюйскую епархию. 16 сентября того же года он прибыл в Якутск, где его встретил гражданский губернатор Владимир Захарович Коленко. Пребывая на Якутской кафедре, Мелетий приложил столько трудов для процветания Якутского края, что уже современники называли его «Апостолом Якутии». Незадолго до этого в одном из писем архиепископ Вениамин (Благонравов) заметил: «Жаль мне преосвященного Мелетия. В Питере так много грязи набросал на него барон Корф [приамурский генерал-губернатор]... между тем, он уже скучает на одном месте. Пора бы в епархиальные, хоть в Якутск». В том же году после установления зимней дороги Мелетий начал объезд епархии на собаках или верхом на оленях, по пустынной и почти безлюдной территории, по глубоким снегам. При сибирских морозах нередко приходилось проводить ночи под открытым небом. И впоследствии Мелетий ежегодно посещал самые отдалённые места необъятной епархии, проезжая порой больше 10 тыс. вёрст за одну поездку. Он неустанно заботился о возведении храмов и часовен, находил для них щедрых благотворителей. Освятил или подготовил к освящению 14 новых церквей; две из них, предназначавшиеся для Жиганска и Булунска, были выстроены на монастырском дворе в Якутске.