Этот брак мог стать основой для будущего антиосманского (и антишведского) союза, в котором были заинтересованы многие европейские державы. В послании царю от 15 декабря 1644 г. Мелетий Сириг написал о непризнании Восточной церковью крещения протестантов и вновь просил помощи для напечатания некоей «Книги оглашения на еретиков», т.е., видимо, все того же «Опровержения...» (Российский государственный архив древних актов). Осуществлению же проекта поездки в Москву помешали, как полагают исследователи, вначале перемена на патриаршем престоле, а затем кончина царя Михаила Фёдоровича в июле 1645 г., из-за которой были прерваны переговоры о браке. 1 июня 1645 г. Мелетий Сириг был вынужден вновь удалиться в Молдавию, где жил в Яссах и Сучаве. Там он написал Мученичество святого Иоанна Нового (Сочавского) и продолжал изыскивать возможности для издания «Опровержения...». Надежды на осуществление такой публикации, как полагают исследователи, стали побудительной причиной подготовки переданного в 1645 г. в Москве митрополитом Феофаном Палеопатрским проекта устройства в русской столице греческой типографии. Периодически Мелетий Сириг выезжал из Молдавии в Константинополь и продолжал проповедовать в Галате. Однако вплоть до смерти патриарха Парфения II (май 1651 г.) был вынужден несколько раз переселяться из столицы в Вифинию, где жил в городе Киос (Гемлик) и, возможно, в Бурсе и Триглии (Зейтинбагы), из-за враждебного отношения к нему патриарха и его окружения. Мелетий Сириг продолжал там работу по подготовке канонов и церковных служб Божьей Матери и местным вифинским святым. В письме в Москву от 15 декабря 1644 г. и в следующем, написанном 24 ноября 1645 г. уже из Молдавии, Мелетий Сириг сообщал о событиях на его родине Крите и передавал полученные из разных источников сведения о начавшейся венецианско-османской Кандийской войне (1645–1669 гг. – Российский государственный архив древних актов). Исследователи не исключают, что в это время Мелетий Сириг не только пишет вестовые письма в Москву, но и продолжает искать возможность уехать в русскую столицу. Во всяком случае, в 1649 г. тот же Тафрали в письме Московскому патриарху Иосифу сообщал: «Ещё даю ведомо пресвятительству вашему о некотором учителе смышленном елнискому (так!) языку и разсудителя евангильскому слову, а имя ему Мелентей, прозвище Сирих, что такова учителя втораго не обретаетца во всей вселенной и ни в котором месте, и дал свое слово, хотел прийти сюда ко благочестивому царю и к святительству вашему. А будет произволение благочестиваго царя и великого князя Алексея Михайловича самодержъца всеа Русии, и произволением святительства вашего изволите дати грамоту мне, да он придет суда, и челом бью, да мне о том учини указ и подай ответ» (Российский государственный архив древних актов). Однако этот план (как и планы издания «Опровержения...») не был реализован. Лишь в 1690 г. стараниями Иерусалимского патриарха Досифея II Нотары полемический текст Мелетия Сирига был опубликован в Бухаресте. В 1651 г. Мелетий Сириг смог окончательно вернуться в Константинополь, где продолжил проповедовать вначале в церкви Пресвятой Богородицы Хрисопиги, а с весны 1653 г. – в церкви Пресвятой Богородицы Элпиды в портовом квартале Контоскалион.