Отношения Маркелла с новым Холмским и Варшавским архиепископом Леонтием (Лебединским) также были напряжёнными. По его воспоминаниям, викарий пытался подчинить его «своему влиянию» и даже занять его место. По другому мнению, речь шла всего лишь о выделении Люблинской кафедры в отдельную епархию, а конфликтная ситуация вокруг Маркелла была инспирирована властями для того, чтобы поскорее «разбавить» местное духовенство выходцами из соседних западнорусских губерний (Волынской и Подольской), произвести замену кадров в церковных учреждениях Люблинского викариатства. Первый шаг по устранению «галицких кадров» был сделан в 1877 г., когда по требованию гражданских властей и архиепископа Леонтия (Лебединского) Маркелл уволил ректора Холмской духовной семинарии Ипполита Криницкого, уроженца Галиции; новым ректором в 1877–1889 гг. был назначен протоиерей Михаил Добрянский, уроженец Подолии. В начале 1878 г. был предан следствию в Варшавской консистории в обход Холмского духовного правления (в нарушение прав Маркелла как полусамостоятельного викария, правомочного самостоятельно рассматривать судебные дела в отношении подчинённых ему священников) и смещён с должности благочинного Бельского уезда священник Николай Ливчак. Резонансное дело в отношении Николая Ливчака, переданное на рассмотрение Синода, привело к обострению конфликта между Маркеллом и архиепископом Иоанникием (Горским), которое закончилось устранением Маркелла с Люблинской кафедры в 1878 г. и переводом протоиерея Николая Ливчака в 1880 г. в Смоленскую епархию. 11 января 1880 г. была принята новая инструкция, ограничивавшая полномочия Люблинского епископа. В 1879 г. при первом же объезде церквей Каменец-Подольской епархии Маркелл обратил внимание на пение в храмах и предложил консистории предписать благочинным, чтобы во всех приходах духовенство заботилось об открытии церковноприходских школ и из учеников составляло певческие хоры для профессионального пения на богослужениях. Наиболее усердных в устроении церковных хоров церковнослужителей Маркелл поощрял наградами. Духовенство поддержало стремления архипастыря, и в 1880 г. Маркелл отметил в отчёте о положении дел в епархии удовлетворительное состояние пения в храмах; при многих церквах принимали участие в пении не только мальчики и девочки, но и взрослые мужчины и женщины. Епископ предложил местным благочинным обратить особое внимание на этот способ воспитания в народе «религиозно-нравственного чувства». Проявляя заботу о распространении церковной проповеди, ещё до осмотра церквей Маркелл распорядился, чтобы во время ревизий храмов специально назначенные благочинными проповедники произносили на богослужениях поучения. Епископ настаивал, чтобы проповеди не были монотонными, чтобы в них не было изысканности, чтобы они были понятны простому народу. Вернувшись после объезда церквей в епархиальный город, Маркелл предписал духовенству произносить проповеди с церковной кафедры в каждый воскресный и праздничный день просто, ясно и для большего впечатления – наизусть, а не по тетрадке. Каждый священник был обязан хранить в храме список произнесённых им проповедей и предъявлять его архиерею при обозрении епархии и благочинному при обозрении церквей округа. Благочинный вместе с отметками о поведении духовенства в клировых ведомостях обязан был отмечать, сколько произнесено тем или другим священником проповедей за год, а о нерадивых доносить епископу.